La gastrulación forma las 3 capas germinales a través de la migración de células desde la línea primitiva. La notocorda se forma a lo largo de la línea media y establece el eje anteroposterior. Factores como Nodal y BMP controlan la especificación de las células en el mesodermo y ectodermo. El trofoblasto continúa desarrollando vellosidades que permiten el intercambio de nutrientes y el anclaje del embrión a través del pedículo de fijación.