homologia .
- 2. BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) • Tipos de BLAST • BLASTN: Compara secuencias de nucleótidos. • BLASTP: Compara secuencias de proteínas. • BLASTX: Traduce una secuencia de nucleótidos y la compara con proteínas. • TBLASTN: Compara una proteína con una base de datos de nucleótidos traducidos. • TBLASTX: Traduce secuencias de nucleótidos en ambas direcciones para comparar.
- 3. BLAST Proceso: 1. Entrada de la Secuencia de Consulta: ADN, ARN o proteínas. 2. Búsqueda en Base de Datos: Se compara la secuencia con bases de datos de secuencias biológicas. 3. Alineamiento Local: Encuentra coincidencias entre la secuencia de consulta y las secuencias en la base de datos. 4. Resultados: Se obtienen las secuencias similares, puntuación de alineamiento y significancia estadística.
- 4. Parámetros Clave • Score: Indica la calidad del alineamiento (mayor es mejor). • E-Value: Probabilidad de obtener un alineamiento al azar (menor es mejor). • Identidad: Porcentaje de coincidencia entre la secuencia de consulta y la secuencia objetivo.
- 5. Aplicaciones de BLAST • Identificación de Genes y Proteínas. • Análisis Filogenético. • Anotación Funcional de secuencias. • Detección de Homología entre organismos.
- 6. Árboles Filogenéticos • Definición: • Un árbol filogenético es una representación gráfica de las relaciones evolutivas entre especies u organismos basada en similitudes y diferencias genéticas o morfológicas. • Componentes de un Árbol Filogenético: • Raíces: Representa el ancestro común de todas las especies en el árbol. • Nodos: Puntos donde una rama se divide, indicando un evento de especiación o divergencia. • Ramas: Conectan los nodos y representan la trayectoria evolutiva. • Hojas (Taxones): Las especies actuales o los organismos estudiados.
- 7. Construcción de Árboles Filogenéticos • Algoritmos: • Métodos Basados en Distancia: Utilizan matrices de distancia genética entre secuencias (ej. UPGMA, Neighbor-Joining). • Métodos Basados en Máxima Parsimonia: Busca el árbol que minimiza el número total de cambios evolutivos. • Métodos Bayesianos y de Máxima Verosimilitud: Calculan la probabilidad de un árbol dado un modelo evolutivo. • Herramientas de Construcción: • MEGA: Software para la construcción y análisis de árboles filogenéticos. • PhyML y MrBayes: Herramientas avanzadas para análisis filogenéticos con máxima verosimilitud y métodos bayesianos.