Informe del uso del programa MEGA ADN.pdf
- 1. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERIA AMBIENTAL Biotecnología INFORME Uso del software Mega DNA DOCENTE Dr. Hebert H. Soto Gonzales ESTUDIANTE: Quispe Cruz Fátima Flor de María CICLO VII Octubre – 2024 Ilo – Perú
- 2. 1. INTRUDUCCION El software MEGA ha sido proporcionado como una herramienta para explorar, Descubrir yanalizar secuencias de ADN y proteínas de un proceso evolutivo perspectiva. La primeraversión fue desarrollada para los recursos computacionales limitados que estabandisponibles en la computadora personal promedio a principios de la década de 1990.MEGA1 hecho muchos métodos de análisis evolutivo fácilmente accesibles para lacomunidad científica para la investigación y la educación. MEGA2 fue diseñado paraaprovechar exponencialmente Mayor poder de cómputo y una interfaz gráfica de finales dela década de 1990, satisfaciendo la creciente necesidad de un análisis y una exploración desecuencias biológicas más extensos. software. Expandió el alcance de su predecesor de unsolo gen a todo el genoma. análisis. Se desarrollaron dos versiones (2.0 y 2.1), cada una delas cuales apoya los análisis de secuencia molecular (secuencias de ADN y proteínas) ydatos de distancia por pares. Ambos podrían especificar dominios y genes para el análisisde secuencias comparativas de múltiples genes y podría crear grupos de secuencias quefacilitarían la estimación de dentro y diversidades entre grupos e inferir las relacionesevolutivas de nivel superior de los genes y especies. MEGA2 implementó muchos métodospara la estimación de evolución distancias, el cálculo de la secuencia molecular y lasdiversidades genéticas dentro y fuera de entre grupos, y la inferencia de árbolesfilogenéticos bajo evolución mínima y Criterios de máxima parsimonia. Incluía el Bootstrapy la probabilidad de confianza pruebas de confiabilidad de las filogenias inferidas. (Tamura,2011 2. OBJETIVOS • Realizar el alineamiento múltiple utilizando el programa mega. • Construir el árbol filogenético con el programa MEGA. • Descubrir y analizar secuencias de ADN 3. MARCO TEORICO 3.1. Alineamiento de secuencias de ADN Según el modelo propuesto por Watson y Crick, la molécula de ADN está compuesta por dos hebras helicoidales cada una siguiendo una secuencia de nucleótidos {A;T;C;G}, y formando parejas de {C;G} y {A;T} entre las dos hélices. Una vez extraído ADN de una
- 3. muestra, se obtienen dos secuencias de ADN (forward y reverse). Deben guardarse cada una en un documento con formato FASTA. Se debe realizar un BLAST a la secuencia forward, que consiste en hacer una búsqueda en una base de datos de secuencias de ADN, para encontrar datos similares y verificar si el amplificador es correcto (Valverde, 2017) 3.2. Árboles filogenéticos La filogenia molecular y aplicaciones como PAUP, Mr. Bayes y Beast, entre otras, son usadas en investigaciones comparativas en genética. Algunos estimadores filogenéticos se basan en un modelo explícito de la evolución de nucleótidos para estimar parámetros evolutivos tales como longitudes de rama y topología del árbol. Los árboles filogenéticos son generados para analizar las relaciones evolutivas observadas y obtener información a partir de ellas, de manera que facilitan encontrar la divergencia de linajes, o la relación entre ellos. Para la creación del árbol filogenético de las muestras de ADN obtenidas, morfológicamente parecidas a lepidópteros, con el fin de determinar si había relación con las secuencias de ADN de lepidópteros, obtenidas de una base de datos, se utilizaron los programas PAUP, Mr. Bayes y Beast. Se obtuvo un árbol filogenético que demostró que las muestras no pertenecían a la especie de los lepidópteros, debido a que no presentaban relación alguna con esta especie, pero sí gran similitud entre ellas. Al parecer, se reveló el descubrimiento
- 4. de una nueva especie, actualmente con nombre desconocido. Por otro lado, con el uso de estos programas de software, se concluyó que no son tan amigables con el usuario que no tiene conocimiento de comandos de línea. (Valverde, 2017) 4. METODOLOGIA La metodóloga aplicada en la presente practica fue la siguiente: • Primeramente, se instaló el software “Mega” el cual se tiene que estar instalada correctamente en el equipo para su optima ejecución. • Luego pasamos abrir el programa MEGA y clicamos en “alignament > Query Databanks” Fuente: Elaboración propia • Esto nos abrirá un buscador donde, para este trabajo buscaremos el microorganismo con el gen 16s.
- 5. Fuente: Elaboración propia • Escogemos un microorganismo y clicamos en buscar. De la lista de microorganismos que encontraremos, seleccionamos uno y nos dará nuestra secuencia. Fuente: Elaboración propia • Luego clicamos en Add To Alignment, dando OK a todas ventanas que se muestran.
- 6. • Escogemos un microorganismo y clicamos en buscar. De la lista de microorganismos que encontraremos, seleccionamos uno y nos dará nuestra secuencia. • Escogemos un microorganismo y clicamos en buscar. De la lista de microorganismos que encontraremos, seleccionamos uno y nos dará nuestra secuencia.
- 7. • De esta manera tendremos todo alineado, en seguida borramos todos los espacios en blanco seleccionándolos y clicando en X o presionando la tecla suprimir. • Posteriormente clicamos en PHYLOGENY y seguidamente en Construct/Test UPGMA Tree.Escogemos nuestra PRACTICA A1 ya guardada y damos OK a todas las ventanas que se presenten. • Finalmente tendremos la estructura del arbol Filogenetico, en la que existen varias opciones para trabajar con este árbol.
- 8. 5. RESULTADO En la presente imagen se puede observar el resultado del análisis filogenético basado en lassecuencias del gen 16S de 30 bacterias, las cuales están identificadas en el Centro Nacionalpara la Información Biotecnológica (NCBI). Los nombres representan las secuencias de lascepas referencia reportadas en el (NCBI) y final mente el árbol filogenético fue construidousando el software MEGA 6. CONCLUSION
- 9. Mediante la metodología aplicada se logró realizar el alineamiento de las secuencias utilizando el programa Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA), el cual resulto sencillo de manejar y es una herramienta muy útil para cualquier bioinformático. Por otra parte, también se logró construir el árbol filogenético con el programa MEGA y descubrir y analizar cada una de las secuencias de ADN que presentaron cierta similitud entre ellas. 7. REFERENCIAS Tamura, S. K. (2011). Molecular Evolutionary Genetics Analysis. MEGA. Obtenido de http://www.kumarlab.net/publications Valverde, K. A. (2017). Uso de herramientas para alineación de secuencias y creación de árboles filogenéticos para la determinación De especies. Tecnología en Marcha. Número. doi:10.18845/tm.v30i5.3218https://www.megasoftware.net