Tutorial avogadro
- 1. Tutorial Avogadro Barra de herramientas: Herramienta de dibujo (F8) Insertar átomo Para la molécula Herramienta de navegación (F9) Agrandar/achicar Rotar Herramienta de manipulación (F10) Rotar Borrar átomo Mover Para átomos Agrandar/achicar Mover
- 2. Herramienta de selección (F11) Pulsar para seleccionar átomos individuales y arrastrar para seleccionar varios átomos. Herramienta de rotación automática Permite rotar la molécula con el botón izquierdo del mouse, el largo y la dirección de la línea que se dibuja indica la dirección y la velocidad de la rotación. Herramienta de optimización automática Pulsar para optimizar la estructura. Herramienta para medir Seleccionar hasta 3 átomos Actividad 1: Crear una molécula de CO2 y optimizar su estructura. Seleccionar la herramienta de dibujo Seleccionar elemento carbono y dibujarlo
- 3. Luego cambiar elemento a oxígeno enlace doble y dibujar 2 átomos de oxígeno partiendo del átomo de carbono Luego optimizar la estructura: Se obtiene la siguiente molécula:
- 4. Actividad 2: Dibujar una molécula vitamina A Primero dibujar la estructura con la herramienta de dibujo a la estructura lo más parecido posible Una vez dibujada la molécula a mano, hay que agregarle los átomos de hidrógeno, para ello: Se obtiene la siguiente estructura:
- 5. Luego hay que optimizar la geometría de la molécula: Se obtiene la molécula terminada Para visualizarla de otra manera debe estar activo preferencia de pantalla Aparece esta ventana Seleccionar Esferas de Van der Waals clickeando en el cuadrado
- 6. Se obtiene: Para animar presionar la herramienta de rotación automática y comenzar animación dibujando una línea con el botón izquierdo del mouse, la molécula comenzará a girar: Para guardar una imagen de la estructura obtenida ir a Archivo, luego Exportar y luego Gráfico
- 7. Actividad 3: Construir un aminoácido metionina. Para ello insertaremos el aminoácido y lo copiaremos. Ir a la opción Construir, luego insertar y luego Fragmento. Aparecerá la siguiente ventana: Seleccionar amino_acids y luego D-methionine.cml, se cargará el aminoácido en la ventana. Repitiendo el procedimiento aplicado para la vitamina A construir la molécula.
- 8. Actividad 4: Construir una molécula de aspartamo (N-(L-α-Aspartil)-L-fenilalanina, 1-metil ester). Para ello pueden partir de un péptido formado por los aminoácidos ácido aspártico (Asp) y fenilalanina (Phe). Para ello ir a Construir, insertar, Péptido Crear el péptido Asp-Phe y finalizar la molécula agregando un grupo metilo (CH3). Actividad 5: Construir una molécula de adenosina trifosfato (ATP).