Bunau-Varilla modificó el proyecto de tratado enviado por Hay y redactó uno nuevo basado en cuatro puntos: la neutralidad del Canal de Panamá, la igualdad de banderas, el pago de $10 millones a Panamá originalmente destinados a Colombia, y la protección de Panamá contra agresiones. El Tratado otorgó a Estados Unidos control perpetuo sobre la Zona del Canal y el derecho a ejercer soberanía en ella, excluyendo efectivamente a Panamá de actividades en la Zona.