O manual de operações do Thunder Pro II fornece instruções sobre como atualizar o chip e operar o videogame, incluindo a configuração do Thunder Manager. Ele detalha diversas funções, como modos de boot, opções de idioma e ajustes de tela, bem como procedimentos para reconhecimento manual e boot por dispositivos externos. O documento também orienta sobre como restaurar configurações de fábrica e gerenciar arquivos e partições no HD do console.