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分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編
- 1. 分子系統樹推定に適した 配列データセットの作成 田辺晶史 実習編
- 3. 演習 ● NCBI からDrosophila のミトゲノム全長配列を取得 ● COX2 領域の塩基配列を切り出す ● COX2 塩基配列をアミノ酸配列に翻訳 ● COX2 アミノ酸配列を整列 ● COX2 の開始・終止コドンの配列除去 ● 整列したアミノ酸配列に基づいてCOX2 塩基配列を整列 ● 16S rRNA 領域の塩基配列を切り出す ● 16S rRNA 塩基配列を整列 ● 整列した16S rRNA 塩基配列をトリミング ● 配列(OTU) 名をCOX2 と16S rRNA のファイル間で揃える
- 6. リンク先へ
- 9. リンク先へ
- 10. リンク先へ
- 11. リンク先へ
- 12. キーワードに 「 “complete genome” mitochondrion 」 を追加してEnter
- 13. リンク先へ
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- 27. 右クリック
- 28. クリック
- 30. ダブルクリック
- 31. 右クリック
- 32. クリック
- 33. クリック(Windows 7 ではAlt キーを押してメニューを出してから)
- 34. クリック
- 36. 下記のコマンドを入力してEnter extractfeat -type CDS -tag gene -value COX2 sequence.gb COX2.nuc.fas COX2 領域の切り出し … コマンド名 … タンパクコード領域で …gene が …COX2 である部分を切り出す … 入力ファイル名 … 出力ファイル名 「 」は「次の行に改行なしで続く」という意味であることに注意 ただしスペースは入れること
- 37. COX2 塩基配列をアミノ酸に翻訳 transeq -table 5 COX2.nuc.fas COX2.pep.fas 下記のコマンドを入力してEnter … コマンド名 … 遺伝暗号表は5 番( 無脊椎ミトコン) … 入力ファイル名 … 出力ファイル名 「 」は「次の行に改行なしで続く」という意味であることに注意 ただしスペースは入れること
- 38. COX2 アミノ酸配列を多重整列 下記のコマンドを入力してEnter mafft --auto COX2.pep.fas > COX2.pep.aligned.fas … コマンド名 … やり方はおまかせ … 入力ファイル名 … 出力ファイル指定 「 」は「次の行に改行なしで続く」という意味であることに注意 ただしスペースは入れること
- 41. スクローーーーーーーール
- 43. クリック
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- 46. クリック
- 47. クリック
- 48. クリック
- 49. クリック
- 50. 整列済COX2 アミノ酸配列をガイドにしてCOX2 塩基配列を整列 下記のコマンドを入力してEnter tranalign -table 5 COX2.nuc.fas COX2.pep.aligned.fas COX2_P.fas … コマンド名 … 遺伝暗号表は5 番( 無脊椎ミトコン) … 未整列塩基配列ファイル名 … 整列済みアミノ酸配列ファイル名 … 出力ファイル名 「 」は「次の行に改行なしで続く」という意味であることに注意 ただしスペースは入れること
- 52. クリック
- 54. 矢印部にはスペースを入れる ^>.+ [CDS] (.+) mitochondrion.+
- 55. 正規表現について 矢印部にはスペースを入れる ^>.+ [CDS] (.+) mitochondrion.+ 行頭
- 56. 正規表現について 矢印部にはスペースを入れる ^>.+ [CDS] (.+) mitochondrion.+ あらゆる文字1 文字以上
- 57. 正規表現について 矢印部にはスペースを入れる ^>.+ [CDS] (.+) mitochondrion.+ 直後の文字の特別な意味を打ち消す
- 58. 正規表現について 矢印部にはスペースを入れる ^>.+ [CDS] (.+) mitochondrion.+ 中の正規表現にヒットした文字列を記憶して参照できるようにする
- 59. >$1
- 60. 正規表現について >$1 検索で記憶した1 つめの() 内の文字列
- 61. クリック
- 62. クリック
- 64. クリック
- 65. スペース
- 66. アンダースコア
- 67. クリック
- 68. クリック
- 70. クリック
- 71. クリック
- 72. 16S rRNA 領域の切り出し 下記のコマンドを入力してEnter extractfeat -type rRNA -tag product -value l-rRNA sequence.gb 16S.nuc.fas … コマンド名 …rRNA コード領域で … 産物が …l-rRNA の領域を切り出す … 入力ファイル名 … 出力ファイル名 「 」は「次の行に改行なしで続く」という意味であることに注意 ただしスペースは入れること
- 73. 16S rRNA 領域の切り出し 追加分 下記のコマンドを入力してEnter extractfeat -type rRNA -tag gene -value lrRNA sequence.gb stdout >> 16S.nuc.fas … コマンド名 …rRNA コード領域で … 産物が …l-rRNA の領域を切り出す … 入力ファイル名 … 標準出力( 通常は画面) に出力 … 標準出力の内容をファイルに追記 「 」は「次の行に改行なしで続く」という意味であることに注意 ただしスペースは入れること
- 74. 16S 塩基配列を多重整列 下記のコマンドを入力してEnter mafft --auto 16S.nuc.fas > 16S.nuc.aligned.fas … コマンド名 … やり方はおまかせ … 入力ファイル名 … 出力ファイル指定 「 」は「次の行に改行なしで続く」という意味であることに注意 ただしスペースは入れること
- 76. クリック
- 77. 矢印部にはスペースを入れる ^>.+ [rRNA] (.+) mitochondrion.+
- 78. >$1
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- 82. スペース
- 83. アンダースコア
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- 88. 整列の怪しい部分をトリミング 下記のコマンドを入力してEnter trimal -in 16S.nuc.aligned.fas -out 16S.fas -automated1 … コマンド名 … 入力ファイル指定 … 出力ファイル指定 … やり方はおまかせ 「 」は「次の行に改行なしで続く」という意味であることに注意 ただしスペースは入れること
- 90. クリック クリック
- 92. 正規表現について 矢印部にはスペースを入れる d+ bp 1 文字以上の数字
- 93. 空欄
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