Perl For Bioinformatics
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本文件是 Perl 编程语言的基础教程，介绍了 Perl 的功能、历史以及数据类型，包括纯量、数组和散列。它还涵盖了 Perl 的操作符、控制结构和子例程，以及正则表达式的使用。通过示例代码，读者可以迅速了解如何使用 Perl 进行生物信息学编程。
![產生陣列
Perl 的陣列，以 @ 加上變數名稱來表示，比如：
− @oklist ，它的元素可由 index 索引逐一取得，第一個 index 值由 0 開始，最
後一個 index 值由 $#oklist 來表示。陣列的第一個元素為 $oklist[0] ，第二個元
素為 $oklist[1] ，第三個元素為 $oklist[2] ，其它依此類推，最後一個元素為
$oklist[$#oklist]
@oklist=(1, 2, 4, 6);
@oklist 陣列共有 4 個元素，分別是 $oklist[0], $oklist[1],
$oklist[2], $oklist[3]
$#oklist 值為 3
最後一個元素可表示成 $oklist[$#oklist] ，其值為 6
@tiny=(); # 空陣列](https://image.slidesharecdn.com/perlforbioinformatics-160719042341/85/Perl-For-Bioinformatics-36-320.jpg)
![正規表示式
所謂正規表示式 (Regular Express) 是一種由字
元組成的樣式，用來比對資料，看看究竟符合或
不符合這個樣式，然後可做進一步的處理。比如
說：電子郵件位址的樣式，可寫成：
− ([w-])+@([w-])+(.[w-])+
正規表示式，也可以稱為是樣式 (Pattern) ，本
身自成一種小型的程式語言。由於在文件處理方
面，正規表示式經常可以發揮強大的功能，因
此，只要談到樣式比對，大家第一個聯想到的多
半是 Perl 這個語言。](https://image.slidesharecdn.com/perlforbioinformatics-160719042341/85/Perl-For-Bioinformatics-97-320.jpg)
Perl For Bioinformatics
- 1. Perl Tutorial For Bioinformatics Speaker: Ping-lun Liao pinglunliao@gmail.com
- 2. What is Perl? Perl is an acronym that stands for Practical Extraction and Reporting Language. History − Written by Larry Wall. − The three chief virtues of a Perl programmer: Laziness Impatience Hubris
- 3. Purpose of Perl World Wide Web Programming (CGI) Internet Server Application Programming Interface extension ActiveX script language System Administration chores Object Linking Embedded Automation Network Programming Graphics User Interface
- 4. Perl's Benefits Ease of Programming Rapid Prototyping Portability Speed Program Maintenance
- 5. Software Interpreter − Windows ActivePerl StrawberryPerl − Linux ActivePerl perl − Mac OS X ActivePerl − Perl Download IDE − Padre − Eclipse + EPIC − Perl Express − Open Perl IDE
- 6. Hello Perl #!/usr/bin/perl # This line is comment print "Hello Perl"; Save this file as hello.pl Type “perl hello.pl” from the MS command line
- 7. Hello Perl
- 8. perl cmd perl –h: print summary of options "perl –c: test01.pl": check syntax without running program perl –v: version and patch-level of perl "perl –W test01.pl": prints warnings about possible bad constructs
- 9. perl cmd
- 10. User Input print "Who are you?n"; $name = <STDIN>; chomp $name; print "Hello, $name!n"; name.pl
- 11. Data Type 純量 (scalars) − $variableName 陣列 (array) − @variableName 雜湊 (hash) − %variableName
- 12. Scalars 純量是 Perl 能夠操作的資料型態中最簡單的一 種。 Perl 的純量由數值及字串組成。對其它程式語言來 說，數值和字串的處理方式是不同的，但對 Perl 來說，則沒有太大的不同。
- 13. 數值
- 14. 數值計算
- 15. 運算子 -> 方法呼叫、解參考 ++ 遞增， -- 遞減 ** 乘冪 ( 次方 ) ! 非， ~ 位元運算的 非， 參考 =~ 比對相符， !~ 比對不符 * 乘， / 除， % 求餘數， x 字串倍數 + 加、 - 減， . 字串連接 << 位元左移， >> 位元右移
- 16. 運算子 < 小於 > 大於 <= 小於或等於 >= 大於或等於 lt 字串小於 gt 字串大於 le 字串小於或等於 ge 字串大於或等於 == 等於 != 不等於 <=> 數值比較 eq 字串等於 ne 字串不等於 cmp 字串比較
- 17. 運算子 & 位元 AND | 位元 OR ^ 位元 XOR && AND( 且 ) || OR ( 或 ) .. 範圍 ? : 三元運算子，例： ($a > $b) ? $a : $b; = 指定， += 、 - = ， *= 等等 , 逗號運算子， => 箭 號運算子 not 邏輯的 NOT and 邏輯的 AND or 邏輯的 OR xor 邏輯的 XOR
- 18. 字串 字串由任何字元所組成， Perl 的字串須以單引 號或雙引號括起來 (stringDemo.pl)
- 19. 跳脫字元 (escapes)
- 22. 純量變數 純量變數是向記憶體要求配置一個空間，用來存 放數值或字串之用。 大部份高階語言皆要求使用變數之前要先宣告， 但 Perl 不必，隨時隨處均可立即產生，不必預 先宣告。 Perl 的純量變數表示法很簡單： $ 加上變數名 稱。變數名稱的第一個字必須為英文字元或底線 _ 。
- 23. 純量變數
- 26. 比較算符
- 27. 真假值 0 為假，其它數值皆為真。 '0' 、 "0" 及空字串 '' 、 "" 為假，其它字串皆為 真。 運算結果可以轉換成 "0" 者為假。 undef 這個特別值為假。 任何未定義的值為假。 上述假值定義之外，其餘為真。
- 28. 真假值例子
- 30. Data Type
- 31. 陣列 談 Perl 的陣列之前，應先來了解何謂串列 (list) 串列 − 串列是小括號 () 內，由一串純量組成 (0 個元素以 上 ) ，彼此以逗點分開。
- 32. 串列
- 33. 串列 像 ("Mmm", "NNN", "Jjj", "Kkk", "Xxx") 這種串 列要鍵入那麼多雙引號，挺累人的，您也可以用 qw 算符來簡化它 ( 別忘了 Perl 是懶惰程式設 計師的最愛 ) ：
- 36. 產生陣列 Perl 的陣列，以 @ 加上變數名稱來表示，比如： − @oklist ，它的元素可由 index 索引逐一取得，第一個 index 值由 0 開始，最 後一個 index 值由 $#oklist 來表示。陣列的第一個元素為 $oklist[0] ，第二個元 素為 $oklist[1] ，第三個元素為 $oklist[2] ，其它依此類推，最後一個元素為 $oklist[$#oklist] @oklist=(1, 2, 4, 6); @oklist 陣列共有 4 個元素，分別是 $oklist[0], $oklist[1], $oklist[2], $oklist[3] $#oklist 值為 3 最後一個元素可表示成 $oklist[$#oklist] ，其值為 6 @tiny=(); # 空陣列
- 42. 陣列的操作 陣列主要有四個操作 − pop ：由陣列尾端，取出最後一個元素 − push ：由陣列尾端，置入一個元素，形成最後的元 素 − shift ：由陣列頭部，取出第一個元素 − unshift ：由陣列頭部，置入一個元素，變成第一個 元素
- 51. 陣列排序 按照 ASCII 排序 :arrayDemo14.pl
- 55. 雜湊 雜湊很類似於陣列，但陣列是以數字做索引，雜 湊則以字串做索引，這是最大的不同。雜湊的索 引，我們稱為鍵 (key) ，其對應的內容，我們稱 為值 (value) ，雜湊就是由一對對的 " 鍵 / 值 " 組合而成。換言之，雜湊是把某一套資料對應到 另一套資料。
- 56. 雜湊 欲存取雜湊的值，只要使用 $ 雜湊名 { 鍵 } 即 可。
- 57. 雜湊 以下是另一種定義雜湊的方式，結果同上頁 − %all=("t111222333", " 王大空 ", "s444555666", " 李 小二 ", "k333111555", " 陳大一 ");
- 59. 雜湊 reverse 可以將一個雜湊的鍵 / 值互調成為值 / 鍵
- 60. 雜湊的處理 以下幾種函式經常用來處理雜湊： − keys 取出雜湊的鍵，傳回一個陣列 − values 取出雜湊的值，傳回一個陣列 − each 取出雜湊的鍵 / 值對，傳回一個串列 − exists 用來判斷某一雜湊中是否存在該鍵 − delete 用來移除雜湊中某一對鍵和值
- 64. each 取出雜湊的鍵 / 值對，傳回一個串列 :HashDemo5.pl
- 67. delete 將某一對鍵 / 值刪除 :HashDemo8.pl
- 69. 特殊符號
- 72. 引號整理
- 73. 引號整理
- 74. 引號整理
- 75. Flow Control
- 76. if 控制結構 if 有四種形式 : IfDemo.pl
- 77. if 控制結構 if 有四種形式 :IfDemo.pl
- 78. unless unless 是判斷條件為假時做某事 , 有三種形式 :UnlessDemo.pl
- 79. until 直到某事為真之前 ( 若它為假 ) ，都一直做某 事 :UntilDemo.pl
- 81. for ForDemo.pl
- 88. Subroutine
- 89. Subroutines v.s Functions Subroutines are chunk of code you defines. Functions are provided by Perl.
- 90. Functions
- 92. 引數：傳入值 SubMaxDemo.pl 其中 my 使 $a 及 $b 變成區域變數，一旦副 程式結束，區域變數也就消失，不會影響主程式 中同名的變數。
- 94. 傳回值 如果副程式的運算結果需要傳回，可以使用 return 將結果傳回給叫用者去接收。 但如果副程式中沒有明顯使用 return ，則 Perl 將以最後一條敘述的執行結果，做為副程式的傳 回值。
- 96. Regular Express
- 97. 正規表示式 所謂正規表示式 (Regular Express) 是一種由字 元組成的樣式，用來比對資料，看看究竟符合或 不符合這個樣式，然後可做進一步的處理。比如 說：電子郵件位址的樣式，可寫成： − ([w-])+@([w-])+(.[w-])+ 正規表示式，也可以稱為是樣式 (Pattern) ，本 身自成一種小型的程式語言。由於在文件處理方 面，正規表示式經常可以發揮強大的功能，因 此，只要談到樣式比對，大家第一個聯想到的多 半是 Perl 這個語言。
- 98. 樣式 BasicPatterns.pl 此例中， $str =~ /like it/ 意思是將 $str 和 "like it" 這個樣式做比對，看看是否含有該字串？ ( 結 果：有 )
- 99. 樣式字元集
- 100. 樣式字元集
- 101. 正規表示式種類 Perl 的正規表示式，概可分成三類：比對、置 換、轉換。 − 比對：若比對成功則傳回真，不成功則傳回假。 − 置換：先進行樣式比對，若有相符的地方，則將相符 之處，置換成指定的字串。 − 轉換：做字元的變換或刪除字元的動作。
- 102. 比對
- 103. 比對
- 110. 置換
- 114. 轉換
- 118. References Perl@Taiwan http://www.cyut.edu.tw/~ckhung/b/pl/ by 洪朝貴 Online Ebook http://www.unix.com.ua/orelly/perl/index.htm Perl網路管理語言 入門與實作