Rdkitの紹介
- 3. What is RDKit ? ●オープンソースのchemoinfo tool kitです。 -コアの部分はC++だから早いよ。 -Python2.x ラッパーあるよ。 -機械学習用の記述子色々あるよ。 -カートリッジサポートしてるよ。( PostgreSQL ) ●扱い -OS win/mac/linux サポート。 -GitHubでバージョン管理。 -ML結構活発。
- 4. Install Linux: apt-getとか。Yumは調べてないです。 Windows: 32bit/64bit binariesでOK ! Mac: Homebrew
- 7. サンプルデータ
- 13. Test Data
- 14. >python rfrag.py < input.txt > frag.txt
- 15. >python indexing.py < frag.txt > pair.txt
- 16. ある日のメール
- 17. やあみんな。 いくつかmmpの機能を追加したよ。 mol_transform.pyはユーザーが セットしたSmilesにMMPを適用して 変換するんだ。（超適当） Hi all, I have added some extra parts to the mmpa contrib. code which has recently been approved for open sourcing by GSK. Also, I have made some minor changes to the existing code but it should all work in the same way. The extra parts are: mol_transform.py This program applies a transform or transforms (generated by the MMP generation program) and applies it to a user set of smiles. This final piece completes the circle, so now you can find MMPs,、、、、、
- 19. さっそくデータ準備
- 20. 無駄にPANDASを使ってみる。
- 21. >python mol_transform.py -f only_pair.txt < beore.txt > after.txt 実行スクリプト ペアファイル 入力 出力 劇的 ビフォー アフター？
- 22. できた♪
- 24. あるよ
- 26. >python create_mmp_db.py < your_fragment.txt これでどうだ！ mmp.dbというファイルができる（sqlite3）
- 27. テーブルが四つ出来た
- 28. 化合物情報入ってる
- 30. 某社のTool kit 素敵。
- 31. 原子の寄与を考えて可視化している
- 32. あるある！
- 36. こんな感じのビューができます。
- 41. 追加リファレンス 順不同／全部じゃない USRCAT: real-time ultrafast shape recognition with pharmacophoric constraints http://www.jcheminf.com/content/4/1/27/abstract Similarity maps - a visualization strategy for molecular fingerprints and machine-learning methods http://www.jcheminf.com/content/5/1/43/abstract hERG Me Out http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ci400308z Freely Available Conformer Generation Methods: How Good Are They? http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ci2004658 Similarity Boosted Quantitative Structure–Activity Relationship— A Systematic Study of Enhancing Structural Descriptors by Molecular Similarity http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ci300182p A Collection of Robust Organic Synthesis Reactions for In Silico Molecule Design http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ci200379p