يتناول علم الأحياء المجهرية دراسة الكائنات الحية الدقيقة، مثل البكتيريا، التي يمكن رؤيتها فقط باستخدام المجهر. تشمل الموضوعات دراسة بنية الخلايا الحية، مقارنة بين الخلايا ذات النواة الحقيقية وغير الحقيقية، ودورها في البيئة وأهميتها في مجالات متعددة. كما يبرز الدرس الأنواع المختلفة من الكائنات الدقيقة وأهمية المجهر في اكتشافها.