El SIE-INEE ha evolucionado a lo largo de varios años y tres etapas distintas. La primera etapa de 2003-2004 se caracterizó por la adaptación de desarrollos nacionales e internacionales. La segunda etapa de 2005-2007 profundizó la colaboración entre la SEP y el INEE para revisar metodologías y limitaciones de datos. La tercera etapa se distinguió por un mayor desarrollo del modelo de evaluación de calidad.