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Enseñanza de la Bioinformatica y
   la Biologia Computacional
  Para una vision Integral de la Biologia


                                  Blgo. Roberto Pineda
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• Conway: Juego de la Vida
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• Biomorfos: Richard Dawkins
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• Autopoiesis: Maturana
•   http://ccl.northwestern.edu/courses/mam2009/student_work/Autopoiesis.html

• Kauffman: redes boleanas
•   http://www.mariusthart.net/specials/kauffman/kauffman.html
Disciplinaridad

• Multidisciplinariedad
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Biomimetica
•   Educación: Piaget
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•   Algoritmos Genéticos
•   Redes Neurales
NO ES BIOINFORMATICA
               Algoritmos Geneticos                             Redes Neuronales
  •   Son llamados así porque se inspiran en la   •   La clase de problemas que mejor se
      evolución biológica y su base genético-         resuelven con las redes neuronales son los
      molecular. Estos algoritmos hacen               mismos que el ser humano resuelve
      evolucionar una población de individuos         mejor: Asociación, evaluación, y
      sometiéndola a acciones aleatorias              reconocimiento de patrones. Las redes
      semejantes a las que actúan en la               neuronales son perfectas para problemas
      evolución biológica (mutaciones y               que son muy difíciles de calcular pero que
      recombinaciones genéticas), así como            no requieren de respuestas perfectas, sólo
      también a una selección de acuerdo con          respuestas rápidas y buenas. Tal y como
      algún criterio, en función del cual se          acontece con el escenario bursátil en el
      decide cuáles son los individuos más            que se quiere saber
      adaptados, que sobreviven, y cuáles los         ¿compro?, ¿vendo?, ¿mantengo?, o en el
      menos aptos, que son descartados.               reconocimiento cuando se desea saber
                                                      ¿se parece? ¿es el mismo pero tienen una
                                                      ligera modificación?




Un Algoritmo es una serie de pasos organizados que describe el proceso que se debe
seguir, para dar solución a un problema específico.
Matrimonio: Biología e Informática
• historia
1600 S.XVII



Pascal
                                 La Pascalina




                             La Calculadora Universal
         Leibniz
1700 S.XVIII




Lamarck
                     Linneo
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              Mendel
Darwin
1950 S.XX


ENIAC




                                   Mauchly y Eckert




        V. Neumann y la EDVAC
1950 S.XX




Rosalind Franklin y la difracción
                                    Watson y Crick
          De rayos X
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Gran capacidad de cómputo
     Supercomputadora                       Cluster de computadoras




Ya tenemos la posibilidad de simular sistemas bien complejos.
Enseñanza de la Bioinformatica y la Biología Computacional
Bases de Datos
• Biodiversidad
• Moleculares:
  – Secuencias
  – Estructuras
  – Redes y Ontologias
Alineamiento de Secuencias
•   Secuenciamiento Shot Gun
•   Algoritmo Smith-Waterman
•   Matrices PAM, (Point Accepted Mutation)
•   Evolución de Secuencias y Proteínas
M&M
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http://oracleofbacon.org/
Sistemas Dinamicos Complejos
 Equilibrio                                          Caos

EQUILIBRIO                                          CAOS




                                      Alejado del Equilibrio
              ESTRUCTURA DISIPATIVA    Al Borde del Caos
Modelado Basado en Agentes
•   http://ccl.northwestern.edu/netlogo/models/WolfSheepPredation
•   http://ccl.northwestern.edu/netlogo/models/Flocking
•   http://ccl.northwestern.edu/netlogo/models/Ants
•   http://ccl.northwestern.edu/netlogo/models/Daisyworld
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Enseñanza de la Bioinformatica y la Biología Computacional

  • 1. Enseñanza de la Bioinformatica y la Biologia Computacional Para una vision Integral de la Biologia Blgo. Roberto Pineda
  • 4. Sistemas • Conway: Juego de la Vida • http://www.bitstorm.org/gameoflife/ • Biomorfos: Richard Dawkins • http://www.annanardella.it/biomorph.html#quick • Autopoiesis: Maturana • http://ccl.northwestern.edu/courses/mam2009/student_work/Autopoiesis.html • Kauffman: redes boleanas • http://www.mariusthart.net/specials/kauffman/kauffman.html
  • 6. Biomimetica • Educación: Piaget • Memética: Dawkins • Algoritmos Genéticos • Redes Neurales
  • 7. NO ES BIOINFORMATICA Algoritmos Geneticos Redes Neuronales • Son llamados así porque se inspiran en la • La clase de problemas que mejor se evolución biológica y su base genético- resuelven con las redes neuronales son los molecular. Estos algoritmos hacen mismos que el ser humano resuelve evolucionar una población de individuos mejor: Asociación, evaluación, y sometiéndola a acciones aleatorias reconocimiento de patrones. Las redes semejantes a las que actúan en la neuronales son perfectas para problemas evolución biológica (mutaciones y que son muy difíciles de calcular pero que recombinaciones genéticas), así como no requieren de respuestas perfectas, sólo también a una selección de acuerdo con respuestas rápidas y buenas. Tal y como algún criterio, en función del cual se acontece con el escenario bursátil en el decide cuáles son los individuos más que se quiere saber adaptados, que sobreviven, y cuáles los ¿compro?, ¿vendo?, ¿mantengo?, o en el menos aptos, que son descartados. reconocimiento cuando se desea saber ¿se parece? ¿es el mismo pero tienen una ligera modificación? Un Algoritmo es una serie de pasos organizados que describe el proceso que se debe seguir, para dar solución a un problema específico.
  • 8. Matrimonio: Biología e Informática • historia
  • 9. 1600 S.XVII Pascal La Pascalina La Calculadora Universal Leibniz
  • 11. 1800 S.XIX Mendel Darwin
  • 12. 1950 S.XX ENIAC Mauchly y Eckert V. Neumann y la EDVAC
  • 13. 1950 S.XX Rosalind Franklin y la difracción Watson y Crick De rayos X
  • 14. 1969
  • 15. Gran capacidad de cómputo Supercomputadora Cluster de computadoras Ya tenemos la posibilidad de simular sistemas bien complejos.
  • 17. Bases de Datos • Biodiversidad • Moleculares: – Secuencias – Estructuras – Redes y Ontologias
  • 18. Alineamiento de Secuencias • Secuenciamiento Shot Gun • Algoritmo Smith-Waterman • Matrices PAM, (Point Accepted Mutation) • Evolución de Secuencias y Proteínas
  • 21. Sistemas Dinamicos Complejos Equilibrio Caos EQUILIBRIO CAOS Alejado del Equilibrio ESTRUCTURA DISIPATIVA Al Borde del Caos
  • 22. Modelado Basado en Agentes • http://ccl.northwestern.edu/netlogo/models/WolfSheepPredation • http://ccl.northwestern.edu/netlogo/models/Flocking • http://ccl.northwestern.edu/netlogo/models/Ants • http://ccl.northwestern.edu/netlogo/models/Daisyworld