Debido al cambio climático, el nivel del agua global está subiendo y las tierras del Santuario Nacional Lagunas de Mejía se están salinizando y desertificando, reduciendo su ecosistema y afectando a las aves y la agricultura. También, las variaciones de temperatura y cambios en las épocas de lluvias están alterando las rutas migratorias de las aves y la vegetación de las lagunas, lo que puede hacer que algunas especies desaparezcan del Santuario.