Int. à Bioinformática (FMU - 08/05/2012)
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- O documento introduz o campo da bioinformática, discutindo o DNA, genoma, sequenciamento, montagem e anotação de genomas. Também aborda alinhamento de sequências usando programação dinâmica e aplicações como estudos de expressão gênica e redes biológicas.
Int. à Bioinformática (FMU - 08/05/2012)
- 1. Introdução à Bioinformática Leandro Lima – 08/05/2012 llima@ime.usp.br estudarcomputacao.com @lelimat
- 2. Quem sou eu * Bacharel em Ciência da Computação Universidade Federal do Ceará (2003-2006) * Mestre em Ciência da Computação Universidade de São Paulo (2007-2009) * Doutorando em Bioinformática Universidade de São Paulo (2011- ????) Trabalhos atuais: * Hospital AC Camargo – Centro Internacional de Pesquisa e Ensino – Laboratório de Bioinformática e Bioestatística * FMU – Professor do curso de Ciência da Computação
- 3. Quem sou eu Record: 4m27s
- 4. Sumário - Um pouco de Biologia - Genômica - Bioinformática - Alinhamento de sequências (programação dinâmica) - Aplicações - Estudo - Trabalho
- 5. Um pouco de Biologia (I) Gregor Mendel ("Ensaios com plantas híbridas", 1865)
- 6. Um pouco de Biologia (II) Watson e Crick e a estrutura do DNA (1953)
- 7. Um pouco de Biologia (III) Imagem: http://pathology.jhu.edu/pc/BasicCauses.php
- 8. Dogma Central da Biologia Molecular
- 9. O genoma é toda a informação hereditária de um organismo que está codificada em seu DNA Etapas de estudo: (1) Sequenciamento (2) Montagem (3) Anotação
- 10. Sequenciamento
- 11. Montagem
- 12. Anotação
- 13. ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ Sequenciamento
- 14. ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ Montagem
- 15. ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ Anotação
- 19. Uma definição de Bioinformática “o conjunto das técnicas advindas da matemática, estatística e computação aplicadas a problemas da biologia molecular” João Setúbal, em Genômica, 2004
- 21. Um exemplo usando programação dinâmica (7º semestre) Alinhar as sequências GAATTCAGTTA GGATCGA
- 29. Resultado G _ A A T T C A G T T A | | | | | | G G _ A _ T C _ G _ _ A Score = 6
- 30. Outros estudos - Single-nucleotide polymorphism (SNP, do inglês polimorfismo em único nucleotídeo)
- 31. Outros estudos (II) - Copy-number variation (CNV, do inglês variação no número de cópias)
- 32. Dogma Central da Biologia Molecular Expressão gênica (mRNA)
- 33. Medida de expressão gênica (ex: microarrays) Figuras: http://www.chrisdellavedova.com http://www.har.mrc.ac.uk/services/MPC/microarray/
- 34. Números gene Am1 Am2 Am3 Am4 Am5 … A 2.5 1.5 5 6.3 3.4 … B 3.2 5.6 4.4 4 7 … C 4.5 10.3 1.2 5.5 5 … D 1.5 3.2 4.5 3.4 4.5 … E 3.5 6.7 2.6 2.5 2.5 … … … … … … … … Matriz de transição
- 36. Clustering analysis (análise de agrupamento)
- 38. Redes biológicas
- 39. Redes biológicas
- 40. É bom saber - Matemática - Estatística - Computação - Biologia (um pouco de cada)
- 42. Pós-graduações - Programa Interunidades de Pós-Graduação em Bioinformática-USP http://www.ime.usp.br/posbioinfo/ - Programa de Pós-Graduação em Bioinformática-UFPR http://www.bioinfo.ufpr.br - Programa de Pós-Graduação em Bioinformática-UFMG http://www.pgbioinfo.icb.ufmg.br/
- 43. Onde trabalhar - Hospitais - Universidades - Instituições de pesquisa (agropecuária, biomédica, etc.) - Farmacêuticas - Prestadoras de serviços
- 44. Perguntas?