Practical Linked Data: risorse, strumenti, utilizzi
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Il documento presenta vari progetti legati ai dati aperti e semantici, come BioPortal, Linked Life Data e DBpedia, che forniscono servizi di ricerca e interazione con ontologie e dati biomedici. Viene inoltre discusso il progetto Aliada, che mira a gestire e pubblicare dati nel settore dei beni culturali. Infine, viene illustrato l'uso pratico di questi strumenti, inclusi esempi di interlinking tra dataset e servizi di annotazione testuale.
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BioPortal
BioPortal [1] è un portale che fornisce servizi di ricerca, browsing, annotazione,
mappatura su un dataset di ontologie di dimensioni rilevanti .
Tutte le informazioni ed i servizi sono consultabili tramite l'interfaccia grafica del portale e tramite servizi REST [2].
Tra i servizi offerti troviamo:
●
Browsing: consultazione delle ontologie presenti nel database;
●
Search: ricerca full text (“semplice” ed “avanzata”);
●
Mapping: relazioni tra termini in differenti ontologie;
●
Recommender: proposizioni di ontologie da utilizzare a partire da un testo;
●
Annotator: annotazione automatica, all'interno di un testo, dei termini censiti all'interno delle ontologie.
[1] http://bioportal.bioontology.org
[2] http://www.bioontology.org/wiki/index.php/NCBO_REST_services](https://image.slidesharecdn.com/talk-bibliostar-andreagazzarini-150316095927-conversion-gate01/85/Practical-Linked-Data-risorse-strumenti-utilizzi-4-320.jpg)
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Linked Life Data (1/3)
Linked Life Data [1] è un Data-As-A-Service (DAAS) che fornisce l'accesso pubblico
ed unico a 25 database biomedici.
Sono previste due modalità di fruizione [2]: gratuita ed a sottoscrizione. Quest'ultima prevede
servizi aggiuntivi come ad esempio accesso via HTTPS, nessun limite di ricerche al minuto,
maggiore frequenza negli aggiornamenti.
Oltre ad uno SPARQL endpoint [3], per l'integrazione machine-to-machine, il portale offre
anche una interfaccia di ricerca [4] che include funzionalità tipiche dei motori fulltext, quali
autocompletamento, faceted search, ricerca semplice ed avanzata.
[1] http://linkedlifedata.com/about
[2] http://linkedlifedata.com/about#linked-life-data
[3] http://linkedlifedata.com/sparql
[4] http://linkedlifedata.com/search/quick](https://image.slidesharecdn.com/talk-bibliostar-andreagazzarini-150316095927-conversion-gate01/85/Practical-Linked-Data-risorse-strumenti-utilizzi-5-320.jpg)
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Bio2RDF
Bio2RDF [1] è un progetto open-source che utilizza le tecnologie del Web
Semantico per costruire e fornire una rete di risorse Linked Data afferenti al dominio
delle scienze biomediche.
I dataset [2] presenti sono consultabili e posso essere prelevati per un utilizzo su una propria
applicazione.
Il progetto mette inoltre a disposizione uno SPARQL endpoint [3] interrogabile,
presumibilmente con limiti di utilizzo (non riportati all'interno del sito).
[1] http://bio2rdf.org
[2] http://download.bio2rdf.org/release/3/release.html
[3] https://github.com/bio2rdf/bio2rdf-scripts/wiki/Query-repository](https://image.slidesharecdn.com/talk-bibliostar-andreagazzarini-150316095927-conversion-gate01/85/Practical-Linked-Data-risorse-strumenti-utilizzi-8-320.jpg)
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DBPedia
DBpedia è un progetto aperto e collaborativo per l’estrazione e il riutilizzo di
informazioni semanticamente strutturate da Wikipedia.
Oltre alla fruizione dei dati tramite export o SPARQL endpoint, il progetto, all'interno del suo portale,
racchiude numerose risorse e progetti legati al mondo dei Linked Data (e.g. faceted browsers,
Natural Language Processing, strumenti di disambiguazione)
Fornisce uno SPARQL endpoint pubblico e gratuito, soggetto a delle limitazioni d'uso.
I dump dell'intera base dati sono disponibili e pertanto possono essere prelevati e memorizzati in un
RDF store proprio.
[1] http://www.dbpedia.org](https://image.slidesharecdn.com/talk-bibliostar-andreagazzarini-150316095927-conversion-gate01/85/Practical-Linked-Data-risorse-strumenti-utilizzi-9-320.jpg)
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DBPedia Spotlight
Spotlight [1] è uno strumento in grado di riconoscere all'interno di un testo le
risorse censite in Dbpedia. Rappresente una soluzione semplice ed efficace
per classificazione o estrarre entità da contenuti testuali non strutturati.
Il team di sviluppo di Spotlight ha creato una applicazione web [2] dove è possibile provare le
funzionalità di annotazione e disambiguazione su dei testi inseriti manualmente.
Per utilizzi in scenari reali, Spotlight è mette a disposizione un Web Service [3] online, con delle
limitazione d'uso; è possibile inoltre prelevare il software ed installarlo su un proprio server [4].
[1] https://github.com/dbpedia-spotlight/dbpedia-spotlight
[2] http://dbpedia-spotlight.github.io/demo
[3] https://github.com/dbpedia-spotlight/dbpedia-spotlight/wiki/Web-service
[4] https://github.com/dbpedia-spotlight/dbpedia-spotlight/wiki/Installation](https://image.slidesharecdn.com/talk-bibliostar-andreagazzarini-150316095927-conversion-gate01/85/Practical-Linked-Data-risorse-strumenti-utilizzi-10-320.jpg)
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VIAF
Il Virtual International Authority File [1] è un progetto internazionale
promosso dalla Library of Congress e dalla Deutsche Nationalbibliothek,
attualmente sostenuto dall'Online Computer Library Center (OCLC), che ha
l'obiettivo di costituire un'unica base dati di voci di autorità controllate dove il
servizio di ricerca delle entità (authority record) può essere effettuato
dall'utente utilizzando forme e terminologie native (e.g. lingua, scrittura,
alfabeto).
Non è presente al momento uno SPARQL endpoint, ma i dump prodotti periodicamente sono
disponibili [2] sotto licenza ODC http://opendatacommons.org/licenses/by/1.0
Questo significa che oltre alla consultazione, eventuali servizi di integrazione con le proprie
applicazioni devono essere realizzati importando i dati “in casa propria”.
[1] http://viaf.org
[2] http://viaf.org/viaf/data](https://image.slidesharecdn.com/talk-bibliostar-andreagazzarini-150316095927-conversion-gate01/85/Practical-Linked-Data-risorse-strumenti-utilizzi-11-320.jpg)
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ALIADA (1/2)
L'obiettivo del progetto ALIADA [1] è la realizzazione di una pipeline di
gestione, conversione e pubblicazione automatica dei dati di istituzioni
appartenenti al mondo dei beni culturali.
Il progetto, approvato e finanziato dall'Unione Europea nell'ambito del Seventh Framework
Programme for Research (FP7) prevede la partecipazione di cinque partner dislocati in tre diverse
nazioni (Spagna, Italia ed Ungheria)
Il piano di progetto prevede un ciclo di implementazione, suddiviso in differenti iterazioni, che
terminerà nella seconda metà del 2015.
Il software è open source, licenziato sotto GPL V3, e di conseguenza prelevabile [2] gratuitamente.
[1] http://aliada-project.eu
[2] https://github.com/ALIADA/aliada-tool](https://image.slidesharecdn.com/talk-bibliostar-andreagazzarini-150316095927-conversion-gate01/85/Practical-Linked-Data-risorse-strumenti-utilizzi-12-320.jpg)
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Il dato di partenza: Le avventure di Pinocchio
000 00694nam a2200241 i 4500
008 971205s1997 it j 000 0 ita c
020 a 880921191X
082 1 a 853.8
100 1 a Collodi, Carlo.
245 13 a Le avventure di Pinocchio /
c C. Collodi ; illustrazioni di Attilio Mussino.
260 a Firenze :
b Giunti,
c 1997.
440 0 a Collana favolosa / [Giunti]
521 a Letteratura per ragazzi
700 1 a Mussino, Attilio.](https://image.slidesharecdn.com/talk-bibliostar-andreagazzarini-150316095927-conversion-gate01/85/Practical-Linked-Data-risorse-strumenti-utilizzi-15-320.jpg)
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Silk Framework (1/2)
Silk Framework [1] è un progetto open source, coordinato dall'Università di
Mannheim, e serve per collegare dataset diversi tra di loro (interlinking).
Il progetto, disponibile sotto licenza Apache Version 2.0, può essere prelevato gratuitamente.
Mette a disposizione uno strumento grafico per creare le regole di interlinking ed istruire così il
sistema durante la ricerca dei legami.
Una delle caratteristiche fondamentali è la possibilità di effettuare un tuning incrementale delle regole
di matching che determinano l'equivalenza di due entità.
[1] http://wifo5-03.informatik.uni-mannheim.de/bizer/silk](https://image.slidesharecdn.com/talk-bibliostar-andreagazzarini-150316095927-conversion-gate01/85/Practical-Linked-Data-risorse-strumenti-utilizzi-22-320.jpg)
Practical Linked Data: risorse, strumenti, utilizzi
- 1. Copyright 2009-2010 @CULT. All rights reserved Practical Linked Data Risorse, strumenti, utilizzi Andrea Gazzarini Software Architect, @Cult Convegno Stelline 2015 Sala Chagall – Milano 13 marzo 2015 c c c
- 2. Copyright 2009-2010 @CULT. All rights reserved Andrea Gazzarini Software Architect, @Cult Convegno Stelline 2015 - 13 marzo 2015 Sala Chagall – Milano http://www.atcult.it http://people.apache.org/map.html?person=agazzarini https://twitter.com/agazzarini https://www.linkedin.com/in/andreagazzarini http://andreagazzarini.blogspot.it https://github.com/agazzarini http://www.slideshare.net/AndreaGazzarini https://www.packtpub.com/big-data-and-business-intelligence/apache-solr-essentials
- 3. Copyright 2009-2010 @CULT. All rights reserved 3 Linked Open Data
- 4. Copyright 2009-2010 @CULT. All rights reserved 4 BioPortal BioPortal [1] è un portale che fornisce servizi di ricerca, browsing, annotazione, mappatura su un dataset di ontologie di dimensioni rilevanti . Tutte le informazioni ed i servizi sono consultabili tramite l'interfaccia grafica del portale e tramite servizi REST [2]. Tra i servizi offerti troviamo: ● Browsing: consultazione delle ontologie presenti nel database; ● Search: ricerca full text (“semplice” ed “avanzata”); ● Mapping: relazioni tra termini in differenti ontologie; ● Recommender: proposizioni di ontologie da utilizzare a partire da un testo; ● Annotator: annotazione automatica, all'interno di un testo, dei termini censiti all'interno delle ontologie. [1] http://bioportal.bioontology.org [2] http://www.bioontology.org/wiki/index.php/NCBO_REST_services
- 5. Copyright 2009-2010 @CULT. All rights reserved 5 Linked Life Data (1/3) Linked Life Data [1] è un Data-As-A-Service (DAAS) che fornisce l'accesso pubblico ed unico a 25 database biomedici. Sono previste due modalità di fruizione [2]: gratuita ed a sottoscrizione. Quest'ultima prevede servizi aggiuntivi come ad esempio accesso via HTTPS, nessun limite di ricerche al minuto, maggiore frequenza negli aggiornamenti. Oltre ad uno SPARQL endpoint [3], per l'integrazione machine-to-machine, il portale offre anche una interfaccia di ricerca [4] che include funzionalità tipiche dei motori fulltext, quali autocompletamento, faceted search, ricerca semplice ed avanzata. [1] http://linkedlifedata.com/about [2] http://linkedlifedata.com/about#linked-life-data [3] http://linkedlifedata.com/sparql [4] http://linkedlifedata.com/search/quick
- 6. Copyright 2009-2010 @CULT. All rights reserved 6 Linked Life Data (2/3) Esempio di SPARQL: selezione del gene “TP53” e dei suoi legami all'interno dell'ontologia GeneOntology. PREFIX psys: <http://proton.semanticweb.org/2006/05/protons#> PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> PREFIX gene: <http://linkedlifedata.com/resource/entrezgene/> SELECT ?gene ?go WHERE { ?gene rdf:type gene:Gene; ?gene:geneSymbol "TP53" . ?gene:goTerm ?go . }
- 7. Copyright 2009-2010 @CULT. All rights reserved 7 Linked Life Data (1/2)
- 8. Copyright 2009-2010 @CULT. All rights reserved 8 Bio2RDF Bio2RDF [1] è un progetto open-source che utilizza le tecnologie del Web Semantico per costruire e fornire una rete di risorse Linked Data afferenti al dominio delle scienze biomediche. I dataset [2] presenti sono consultabili e posso essere prelevati per un utilizzo su una propria applicazione. Il progetto mette inoltre a disposizione uno SPARQL endpoint [3] interrogabile, presumibilmente con limiti di utilizzo (non riportati all'interno del sito). [1] http://bio2rdf.org [2] http://download.bio2rdf.org/release/3/release.html [3] https://github.com/bio2rdf/bio2rdf-scripts/wiki/Query-repository
- 9. Copyright 2009-2010 @CULT. All rights reserved 9 DBPedia DBpedia è un progetto aperto e collaborativo per l’estrazione e il riutilizzo di informazioni semanticamente strutturate da Wikipedia. Oltre alla fruizione dei dati tramite export o SPARQL endpoint, il progetto, all'interno del suo portale, racchiude numerose risorse e progetti legati al mondo dei Linked Data (e.g. faceted browsers, Natural Language Processing, strumenti di disambiguazione) Fornisce uno SPARQL endpoint pubblico e gratuito, soggetto a delle limitazioni d'uso. I dump dell'intera base dati sono disponibili e pertanto possono essere prelevati e memorizzati in un RDF store proprio. [1] http://www.dbpedia.org
- 10. Copyright 2009-2010 @CULT. All rights reserved 10 DBPedia Spotlight Spotlight [1] è uno strumento in grado di riconoscere all'interno di un testo le risorse censite in Dbpedia. Rappresente una soluzione semplice ed efficace per classificazione o estrarre entità da contenuti testuali non strutturati. Il team di sviluppo di Spotlight ha creato una applicazione web [2] dove è possibile provare le funzionalità di annotazione e disambiguazione su dei testi inseriti manualmente. Per utilizzi in scenari reali, Spotlight è mette a disposizione un Web Service [3] online, con delle limitazione d'uso; è possibile inoltre prelevare il software ed installarlo su un proprio server [4]. [1] https://github.com/dbpedia-spotlight/dbpedia-spotlight [2] http://dbpedia-spotlight.github.io/demo [3] https://github.com/dbpedia-spotlight/dbpedia-spotlight/wiki/Web-service [4] https://github.com/dbpedia-spotlight/dbpedia-spotlight/wiki/Installation
- 11. Copyright 2009-2010 @CULT. All rights reserved 11 VIAF Il Virtual International Authority File [1] è un progetto internazionale promosso dalla Library of Congress e dalla Deutsche Nationalbibliothek, attualmente sostenuto dall'Online Computer Library Center (OCLC), che ha l'obiettivo di costituire un'unica base dati di voci di autorità controllate dove il servizio di ricerca delle entità (authority record) può essere effettuato dall'utente utilizzando forme e terminologie native (e.g. lingua, scrittura, alfabeto). Non è presente al momento uno SPARQL endpoint, ma i dump prodotti periodicamente sono disponibili [2] sotto licenza ODC http://opendatacommons.org/licenses/by/1.0 Questo significa che oltre alla consultazione, eventuali servizi di integrazione con le proprie applicazioni devono essere realizzati importando i dati “in casa propria”. [1] http://viaf.org [2] http://viaf.org/viaf/data
- 12. Copyright 2009-2010 @CULT. All rights reserved 12 ALIADA (1/2) L'obiettivo del progetto ALIADA [1] è la realizzazione di una pipeline di gestione, conversione e pubblicazione automatica dei dati di istituzioni appartenenti al mondo dei beni culturali. Il progetto, approvato e finanziato dall'Unione Europea nell'ambito del Seventh Framework Programme for Research (FP7) prevede la partecipazione di cinque partner dislocati in tre diverse nazioni (Spagna, Italia ed Ungheria) Il piano di progetto prevede un ciclo di implementazione, suddiviso in differenti iterazioni, che terminerà nella seconda metà del 2015. Il software è open source, licenziato sotto GPL V3, e di conseguenza prelevabile [2] gratuitamente. [1] http://aliada-project.eu [2] https://github.com/ALIADA/aliada-tool
- 13. Copyright 2009-2010 @CULT. All rights reserved 13 ALIADA (2/2) http://camel.apache.org http://www.enterpriseintegrationpatterns.com
- 14. Copyright 2009-2010 @CULT. All rights reserved 14 Proof of Concept L'obiettivo del POC è quello di combinare una serie di strumenti / tecnologie che, a partire dal dato bibliografico, espresso in formato MARC, permettano la creazione e la gestione, in maniera efficace ed efficiente, di una base dati semantica con collegati una serie di servizi di fruizione aventi lo scopo di aumentare il livello di qualità dell'esperienza di ricerca utente in termini di : ● Correttezza: affidabilità e pertinenza dei risultati restituiti; ● Significatività: aderenza dei risultati rispetto agli obiettivi; ● Capacità informativa: legami con altre risorse
- 15. Copyright 2009-2010 @CULT. All rights reserved 15 Il dato di partenza: Le avventure di Pinocchio 000 00694nam a2200241 i 4500 008 971205s1997 it j 000 0 ita c 020 a 880921191X 082 1 a 853.8 100 1 a Collodi, Carlo. 245 13 a Le avventure di Pinocchio / c C. Collodi ; illustrazioni di Attilio Mussino. 260 a Firenze : b Giunti, c 1997. 440 0 a Collana favolosa / [Giunti] 521 a Letteratura per ragazzi 700 1 a Mussino, Attilio.
- 16. Copyright 2009-2010 @CULT. All rights reserved 16 Pipeline di conversione INPUT OUTPUT INPUT I record MARC da processare OUTPUT I dati convertiti in accordo alle caratteristiche di ciascuno store
- 17. Copyright 2009-2010 @CULT. All rights reserved 17 Pinocchio nell'RDF Store <bibo:Book rdf:about="http://www.cbt.trentinocultura.net/biblio/000002577949"> <dcterms:identifier>000002577949</dcterms:identifier> <bibo:isbn10>880921191X</bibo:isbn10> <dcterms:shortTitle>Le avventure di Pinocchio</dcterms:shortTitle> <dcterms:title> Le avventure di Pinocchio / C. Collodi ; illustrazioni di Attilio Mussino </dcterms:title> <dc:creator rdf:resource="http://www.cbt.trentinocultura.net/person/collodi_carlo"/> <dcterms:language>ita</dcterms:language> <dcterms:audience rdf:resource="http://www.cbt.trentinocultura.net/subject/opera_per_bambini"/> <dcterms:isPartOf rdf:resource="http://www.cbt.trentinocultura.net/biblio/2378129373323" /> <dcterms:extent>186 p.</dcterms:extent> <isbd:hasPlaceOfPublicationProductionDistribution> Firenze </isbd:hasPlaceOfPublicationProductionDistribution> <dcterms:issued>1997</dcterms:issued> <dcterms:publisher rdf:resource="http://www.cbt.trentinocultura.net/organisations/giunti"/> </bibo:Book> <foaf:Person rdf:about="http://www.cbt.trentinocultura.net/person/collodi_carlo"> <foaf:name>Collodi, Carlo</foaf:name> </foaf:Person> <foaf:Organization rdf:about="http://www.cbt.trentinocultura.net/organisations/giunti"> <foaf:name>Giunti</foaf:name> </foaf:Organization>
- 18. Copyright 2009-2010 @CULT. All rights reserved 18 Pinocchio all'interno dell'inverted index (1/2) Le avventure di Pinocchio Le avventure di Pinocchio avventure Pinocchio avventure pinocchio avventur pinocchio ATFN PNX Tokenization Stopwords Lowercase Stemming (light) Fonemi (!) Le di
- 19. Copyright 2009-2010 @CULT. All rights reserved 19 Pinocchio all'interno dell'inverted index (2/2) ATFN PNX KRL KLT
- 20. Copyright 2009-2010 @CULT. All rights reserved 20 In pratica... (1/2)
- 21. Copyright 2009-2010 @CULT. All rights reserved 21 In pratica... (2/2) Autocompletamento Faccette
- 22. Copyright 2009-2010 @CULT. All rights reserved 22 Silk Framework (1/2) Silk Framework [1] è un progetto open source, coordinato dall'Università di Mannheim, e serve per collegare dataset diversi tra di loro (interlinking). Il progetto, disponibile sotto licenza Apache Version 2.0, può essere prelevato gratuitamente. Mette a disposizione uno strumento grafico per creare le regole di interlinking ed istruire così il sistema durante la ricerca dei legami. Una delle caratteristiche fondamentali è la possibilità di effettuare un tuning incrementale delle regole di matching che determinano l'equivalenza di due entità. [1] http://wifo5-03.informatik.uni-mannheim.de/bizer/silk
- 23. Copyright 2009-2010 @CULT. All rights reserved 23 Aggiungiamo Silk INPUT OUTPUT <foaf:Person rdf:about="http://www.cbt.trentinocultura.net/person/collodi_carlo"> <foaf:name>Collodi, Carlo</foaf:name> </foaf:Person> <foaf:Person rdf:about="http://www.cbt.trentinocultura.net/person/collodi_carlo"> <foaf:name>Collodi, Carlo</foaf:name> <owl:sameAs rdf:resource=”http://dbpedia.org/resource/Carlo_Collodi”/> </foaf:Person>
- 24. Copyright 2009-2010 @CULT. All rights reserved 24 Utilizzo pratico: Informazioni sull'Autore
- 25. Copyright 2009-2010 @CULT. All rights reserved 25 Utilizzo pratico: Informazioni sull'Autore
- 26. Copyright 2009-2010 @CULT. All rights reserved 26 Utilizzo pratico: Informazioni sull'Editore
- 27. Copyright 2009-2010 @CULT. All rights reserved 27 Utilizzo pratico: Nuovo Soggettario
- 28. Copyright 2009-2010 @CULT. All rights reserved 28 Utilizzo pratico: Informazioni sui luoghi
- 29. Copyright 2009-2010 @CULT. All rights reserved Practical Linked Data Risorse, strumenti, utilizzi Grazie! Convegno Stelline 2015 Sala Chagall – Milano 13 marzo 2015 c c c