Los cenotes de Yucatán constituyen un ecosistema único que alberga especies endémicas. Sus características geológicas y físicas, como la profundidad, forma y conexión con el acuífero, influyen en las condiciones del agua y en el desarrollo de la flora y fauna acuática. Los cenotes contienen una gran diversidad de microalgas, plantas, invertebrados y peces, muchos de los cuales se han adaptado a las condiciones aisladas de los cenotes.