El artículo describe un sistema de indicadores para evaluar de manera integral la productividad académica de los departamentos en las universidades de educación superior. El sistema combina las principales áreas de actuación universitaria (investigación, extensión y docencia) con criterios de evaluación para permitir un análisis comprehensivo de los datos y emitir recomendaciones. El artículo presenta los resultados de aplicar este sistema de evaluación a tres departamentos de la Universidad de Guadalajara en México.