La Academia San Juan Diego fue creada en 1999 por el Arzobispo de Yucatán para estudiar y difundir los documentos del Magisterio de la Iglesia Católica. La Academia se reúne quincenalmente para recibir formación sobre temas como la Biblia, el Magisterio papal y los concilios de la Iglesia. Además, apoya a la escuela de diaconado y ofrece conferencias y artículos para promover la enseñanza de la Iglesia.