La ATP sintasa está compuesta de dos dominios principales: la unidad F1, que cataliza la síntesis de ATP en la matriz mitocondrial, y la unidad F0, ubicada en la membrana interna mitocondrial. La unidad F0 bombea protones a través de la membrana usando la energía del gradiente electroquímico de protones, lo que causa una rotación de la subunidad γ en F1 y cambios conformacionales que catalizan la síntesis de ATP. El movimiento de protones a través de la subunidad a de F0