El primer protozoo observado fue por Leeuwenhoek en 1674 usando microscopios de su invención. Más tarde, en 1818, Georg Goldfuss acuñó el término "Protozoa" para agrupar formas de vida unicelulares consideradas como animales primigenios. La clasificación de los protozoos ha evolucionado a lo largo de los años con el desarrollo del microscopio para incluir cuatro clases principales basadas en la locomoción: Rhizopoda, Ciliophora, Mastigophora y Sporozoa.