Protocolo de campo coatepec, ver. v01jun13

Dr. Gustavo Mora-Aguilera Práctica de CAMPO (caso Roya del Café). Epidemiología FIT612/verano 2013. Colegio de Postgraduados 1
PROTOCOLO DE CAMPO PARA LA DEFINICIÓN DE UN
PROBLEMA EPIDEMIOLÓGICO CON ÉNFASIS EN LA
MEDICIÓN DE VARIABLES DEL SISTEMA
EPIDEMIOLÓGICO EN ROYA DEL CAFETO.
EQUIPO RESPONSABLE
Dr. Gustavo Mora Aguilera (morag@colpos.mx)
MC. Jorge Flores Sánchez (flores.jorge@colpos.mx)
MC. Santiago Domínguez Monge (dominguez.santiago@colpos.mx)
Ing. Gerardo Acevedo Sánchez (geraracevedo@gmail.com)
CONTACTO
Ing. Vicente Viveros,
FINCA ROMA, Pacho Nuevo, Coatepec. Ver.
Tel. (01-228) 822-91-62
Cel. (045) 228-173-47-83
INTRODUCCIÓN
Los problemas fitosanitarios actualmente en materia de sanidad vegetal, deben constituir un elemento
de sinergia entre investigación, productores, instancias oficiales, organizaciones, etc. La importancia
de esta vinculación estriba en la necesidad de aplicar medidas integradas en torno al hospedero, en
este caso buscando mantener la sanidad del cultivo a través de la prevención. Para cumplir con este
propósito, la epidemiología debe salir del ámbito teórico para cumplir con su misión sustantiva que es
constituirse en un medio efectivo para la solución de problemas fitosanitarios. Buscar el desarrollo de
una disciplina utilitaria demanda creatividad y tal vez caminos alternativos en los cuales el papel del
Investigador y de Profesionales en formación es un eslabón crucial ya que puede plantearse preguntas
epidemiológicas específicas a partir de un problema en particular y generar un conocimiento que
permita el control o manejo de enfermedades.
Recientemente, resurgió un tema de interés cuarentenario que tuvo sus inicios en México en la
década de los 80‟s: la Roya del Café (Hemileia vastatrix Berkeley & Broome). En 2012, se
reportaron oficialmente los primeros focos en Chiapas, lo cual propició la generación de estrategias
nacionales para mitigar los riesgos de la misma. Fue entonces que a partir de 2013, como parte
integral de la estrategia nacional contra la roya del cafeto, se realizan acciones de vigilancia
epidemiológica fitosanitaria para estimar la condición epidemiológica de la roya del café en las
principales zonas cafetaleras de México. Recientemente, LANREF-CP y ANACAFE-Guatemala
mantienen estudios para el desarrollo de modelos de pronóstico que muestran la viabilidad del
empleo de variables asociados a la patogénesis, en particular la germinación y penetración del hongo

en los tejidos vegetales. Esto implica evaluar variables del Sistema Epidemiológico tales como el
Patógeno, Clima y Hospedero.
En el contexto anterior, a través de la presente práctica se desarrollarán actividades que van desde la
identificación del problema (determinación de hipótesis y objetivos), definición y cálculo de variables
del sistema epidemiológico, así como el uso de algunas herramientas para la medición y análisis que
permitirán entender el patosistema Roya-Café de una forma integral con un enfoque epidemiológico.
Para tal fin, se determinó como área de estudio La Finca Roma ubicada el municipio de Coatepec,
Veracruz, segundo estado con mayor producción de café (SIAP, 2012); y la cual tiene como
antecedente la impartición de un curso de capacitación para técnicos en el contexto de la campaña
nacional contra la roya del cafeto, organizado por la DGSV.
Así mismo, se plantea la participación de 15 estudiantes de postgrado adscritos en el curso
Epidemiología Agrícola (FIT612) impartido por el Dr. Gustavo Mora Aguilera, investigador y
colaborador en la aplicación de metodologías desarrolladas en el contexto del Manual Operativo de la
Campaña Nacional contra la Roya del Cafeto.
OBJETIVO GENERAL
Aplicar conceptos, metodologías y herramientas desarrolladas durante las clases teóricas y
prácticas del curso FIT612, en el contexto de un plaga de interés actual: caso Roya del Cafeto
(Hemileia vastatrix) en el municipio de Coatepec, Veracruz.
MÉTODO
El desarrollo de la presente práctica se enmarcará en dos fases esenciales enfocadas en la
comprensión de un problema epidemiológico y en ubicación y validación de trampas para captura de
esporas así como la medición de variables del sistema epidemiológico en Roya del Café, bajo un
contexto epidemiológico. En un contexto amplio, el enfoque de la práctica tiene como objetivo
implícito la racionalización de un problema fitosanitario en base a criterios biológicos y
epidemiológicos en el contexto de su origen: el campo.

1. Definición de un problema Epidemiológico para Roya del Café (Hemileia vastatrix).
Introducción:
La planeación de un estudio epidemiológico involucra distintas etapas (Figura 1). La definición del
problema es sustantivo ya que permite establecer los objetivos e hipótesis adecuados al problema
optimizando lo recursos humanos y económicos. Los objetivos a su vez permiten definir la matriz de
variables asociadas a los subsistemas del Sistema epidemiológico en estudio. En clases teóricas se
han comentado elementos generales sobre el caso particular de Roya del Café, tales como
antecedentes de la plaga, aspectos técnicos y otros. No obstante, es preciso entender el problema in
situ para asimilar las dimensiones reales del problema y a través de esta comprensión establecer, con
una visión integral, cada una de las etapas que implica un estudio epidemiológico.
Por tal motivo, esta práctica se desarrollará en el cultivo del café con el fin de establecer criterios
biológicos y epidemiológicos en la ubicación y validación de la TIDE para la captura de esporas de
H. vastatrix. La determinación de parcela(s) de campo para ubicación de la TIDE deberá
racionalizarse en función de criterios biológicos y epidemiológicos de la Roya del Café. Así mismo,
los objetivos y posibles hipótesis se establecerán colectivamente (a nivel de grupo y equipos) y se
discutirán desde una perspectiva epidemiológica. La búsqueda de un estudio integral debe ser
mantenida en perspectiva para explotar las posibilidades de las parcelas de campo.
Figura 1. Esquema de un Plan de Estudio Epidemiológico
Definición delDefinición del
ProblemaProblema
ObjetivosObjetivos
ee HipótesisHipótesis
Modelo del SistemaModelo del Sistema
EpidemiológicoEpidemiológico
MatrizMatriz
de variablesde variables asociadasasociadas
aa los subsistemaslos subsistemas
InvestigaciónInvestigación
enen condicionescondiciones
controladascontroladas
sinópticasinóptica oo
bibliográficabibliográfica
EmpíricaEmpírica
(no formal)(no formal)
SíntesisSíntesis yy
SoluciónSolución
alal ProblemaProblema

2. Medición de variables del Sistema Epidemiológico
2.1. Variables del Patógeno: Inóculo
Antecedente:
A partir de 2013, como parte integral de la estrategia nacional contra la roya del cafeto, se realizan
acciones de vigilancia epidemiológica fitosanitaria para estimar la condición epidemiológica de la
roya del café en las principales zonas cafetaleras de México. Adicionalmente, el objetivo es
desarrollar un sistema de manejo fitosanitario con énfasis en la prevención y las condiciones
regionales del cultivo del café. Guatemala y Colombia fundamentan el manejo del hongo Hemileia
vastatrix mediante criterios fenológicos y/o del comportamiento de la curva epidémica (Calderón, G.
2012. Comunicación personal; Cárdenas, J. 2013. Comunicación personal). Recientemente,
LANREF-CP y ANACAFE-Guatemala han iniciado estudios para el desarrollo de modelos de
pronóstico de aplicación regional y subregional con el fin de establecer alertas oportunas para apoyar
programas de control químico y fortalecer estrategias de manejo integrado de la enfermedad.
Resultados preliminares muestran la viabilidad del empleo de variables asociados a la patogénesis, en
particular la germinación y penetración del hongo en los tejidos vegetales. Esto implica estimar la
carga de inóculo en planta y en el ambiente para el desarrollo de modelos de pronóstico con énfasis
en la prevención. En este contexto, en colaboración con ANACAFÉ, Guatemala se ha empleado la
fase de germinación e infección del proceso de patogénesis para el desarrollo de modelos regionales
de pronóstico. La cuantificación de esporas podría contribuir a la confirmación y explicación del rol
de estos eventos en la ocurrencia de la roya (Figura 1).
Figura 1. Variabilidad temporal del número de hojas de café con roya y el proceso de patogénesis en la
producción de uredias. Datos: G. Calderón 2012

Objetivo:
Ubicar y validar la implementación de la Trampa de Impactación, Deposición y Escurrimiento
(TIDE) en el patosistema Roya-Café con criterios biológicos y epidemiológicos.
Procedimiento:
Con los elementos proporcionados, arme la TIDE. Documente fotográficamente y realice un
video que muestre los pasos para el armado y ubicación de la trampa (Apéndice 1).
Determine los factores de variación para el establecimiento de las trampas TIDE. Considere:
o Variabilidad por especie
o Variabilidad por manejo
o Variabilidad por intensidad de roya
Discuta en grupo y en equipo la ubicación de la TIDE, considere el aspecto de validación de
la trampa.
Con respecto a la ubicación y especificación de la TIDE:
o Identifique y documente los elementos de variación, considerando:
 Altura del dispositivo
 Altura de la planta
 Tipo de pegamento
 Ubicación con respecto a la periferia y área interna de la parcela seleccionada.
Obtenga las coordenadas geográficas de la ubicación de cada trampa (Apéndice 2)
Para la validación de la trampa considere el número de repeticiones necesarias para garantizar
representatividad. Realice discusiones a nivel grupal.
Analizar mediante cuadros comparativos que incluyan:
o Comparaciones estadísticas, por ejemplo:
 T-test, ANOVA, Regresión u otras que considere pertinentes.
o Realice gráficas que justifiquen su análisis
Tu Turno¡
¿Cuáles son los elementos de mejora para la TIDE?
Proponga un diseño alternativo de la TIDE con base en la validación realizada
Discuta su diseño en base a la literatura disponible
Con los elementos proporcionados, arme la TIDE. Documente fotográficamente y realice un
video que muestre los pasos para el armado y ubicación de la trampa (Apéndice 1).

2.2. Variables del Hospedante y de Daño
Introducción
La planeación de un estudio epidemiológico involucra distintas etapas, desde la definición del
problema hasta el análisis e interpretación de los datos obtenidos, lo cual se traduce en la conclusión
de dicho estudio.
La definición del problema desde una perspectiva epidemiológica debe considerar la incorporación
del sistema epidemiológico como marco lógico de acción, lo que implica la selección de variables de
inductividad, pertinentes para la validación de la hipótesis central del estudio.
Por lo anterior, la selección de variables pertinentes debe realizarse tomando en consideración el
objetivo del estudio, p.e. el estudio de caso roya del café plantea en sus objetivos la caracterización
epidémica y desarrollo de un modelo de pronóstico, lo cual sugiere que las variables seleccionadas
deberán ser de los subsistemas hospedante, enfermedad, clima y manejo.
Del hospedante las variables comúnmente usadas son las fenológicas y de nutrición. Sobre el
subsistema enfermedad las variables más empleadas son incidencia y severidad:
Incidencia es la proporción de plantas, órganos de plantas, etc., enfermos con relación a la
parte sana independientemente del grado de severidad.
Severidad es la proporción del tejido del huésped enfermo con relación al total. Por ejemplo,
si únicamente una tercera parte de una hoja muestra síntomas de enfermedad entonces se tiene
aproximadamente un 33% de severidad.
Sin embargo, la evaluación de severidad constituye un problema complejo ya que se pueden
inducir errores graves de precisión, exactitud y reproducibilidad, así como una menor eficiencia con
respecto a una medición con base en incidencia.
Exactitud es una medida de la “cercanía” de un valor estimado al valor verdadero. Sesgo, es
una representación de la exactitud y evalúa la diferencia entre la verdadera media y la media de la
muestra. La pendiente (β1) de un modelo de regresión lineal simple puede ser empleado como una
estimación de la exactitud. Valores de β1 (b1) cercanos a 1.0 significan alta exactitud (r2
mayor a
0.90) (Figura 1).
Precisión es una medida de la variabilidad de los valores estimados con relación a los valores
verdaderos. La precisión puede ser evaluada con la varianza de un media muestral o el coeficiente de
determinación (r2
) de un modelo de regresión lineal simple (Figura 2). En esta regresión lineal los
valores estimados son relacionados con los valores verdaderos.

Figura 2. Estructura parcial de un análisis de regresión lineal simple mediante SAS y estimación de
estadísticos empleados en la estimación de precisión y exactitud.
En este sentido, la mayor información que normalmente proporciona una medición de
severidad, puede tener un alto costo que debe minimizarse, ya que éste no puede eliminarse
totalmente. Una forma de disminuir las inconveniencias indicadas, es seleccionar un sistema de
medición que permita aproximar satisfactoriamente el valor de una medición estimada al valor real
del grado de una enfermedad.
Una posible opción para disminuir estas fuentes de error, es el uso de escalas logarítmicas
diagramáticas basadas en el principio de Weber-Fechner, las que permiten establecer clases con base
en un sistema logarítmico que elimina la designación arbitraria de clases o categorías de enfermedad.
Por otra parte, éstas incluyen una representación fotográfica para cada clase o categoría de medición
(Campbell y Madden, 1990; Jaraba et al., 1999). Las escalas logarítmicas diagramáticas generadas
con base en el principio general de Weber-Fechner tienen la ventaja adicional de ser prácticas y de
fácil uso.
Objetivo:
Evaluación de variables de los subsistemas hospedante, enfermedad y manejo para
determinar del estatus epidémico y coadyuvar el desarrollo de modelos de pronóstico de la
roya del café.
Procedimiento:
Evaluación de variables del subsistema hospedante y enfermedad
2.2.1. Selección de Unidades de Muestreo (Parcelas centinela):
La selección de parcelas centinela se realizará con base en una exploración preliminar para
determinar diferentes niveles de intensidad epidémica de la roya del café, edad de plantación y nivel
de manejo, por lo que el número de parcelas dependerá de estas condiciones.
2.2.2. Tamaño de la parcela centinela
ParameterEstimate
INTERCEPT13.73852276
X1 0.30788503
PY1|
40+
| pppp
| *ppppp***
|ppp
20+*ppp
|pppp
|
|*
0+
--+--------+--------+--------+-
0255075
X1
1
b1=0.31
Pendiente
Intercepto
bo=13.74
ElerrorEasociado
alpuntoA
LíneadeRegresión
E(Y1)=13.74+0.31X1
P=valoresestimados
*=valoresdeX,Y
A
Var.Independiente
Dependiente
TerminologíadeSAS

Por cuestiones de operatividad el marco de referencia de la parcela centinela es aproximadamente de
1.0 hectárea (37 x 37 plantas), registrar coordenadas geográficas de la parcela (Apéndice 2)
2.2.3. Variables a evaluar
1
Esta variable se estimará automáticamente en el análisis de datos.
El objetivo de la evaluación de variables de daño tiene como propósito caracterizar la epidemia de la
roya en función a clima, manejo y consideraciones del hospedante (variedad y edad). Las variables
fenológicas tienen como propósito evaluar el efecto de nuevo tejido en la infección del hongo y
corregir por defoliación prematura inducida por dicha infección. Adicionalmente, se usará para
estimar la producción e impactos productivos de la roya. Las variables fenológicas se evaluarán en
el eje principal del dosel de la planta.
La variable Número de Brotes (Brot) se refiere a brotes vegetativos, es decir, no florales, los cuales
provengan de una yema independiente.
La variable Número de Ramas Productivas (Ramas) se refiere a las ramas con diferenciación floral,
presentes en todos los ejes de la planta, independientemente si al momento de la evaluación la rama
carece de frutos o flores.
Para la evaluación de estas variables utilizar los formatos de evaluación y escalas diagramáticas los
cuales se proporcionarán en campo. Estas variables se evaluarán mediante la siguiente metodología
de muestreo.
Adicionalmente, se incluye en cada formato de evaluación datos de manejo agronómico de las fincas,
para su captura.
2.2.4. Metodología de muestreo
Seleccionar en el centro de la parcela centinela (1 ha) un bloque de 37x37 plantas continuas, de las
cuales se harán dos tipos de selección de plantas: 1) Selección sistemática de 100 plantas a un
espaciamiento de 4x4 (Figura 2A), para este tipo de muestreo evaluar severidad en planta y
porcentaje de defoliación en planta. En este tipo de muestreo la ausencia de una planta no es crítica y
se marcará con una “x”, en el formato de evaluación. 2) Selección de 20 plantas con método de
muestreo 5 de oros compuesto de cuatro plantas por punto de muestreo (cuatro esquinas y centro)
(Figura 2B), evaluar severidad en hoja, 10 hojas por planta (Est.1=3, Est.2=4 y Est.3=3, hojas) y
Evaluador: Fecha: Sombra: (INGA) MIXTA:(20-40) (40-60) (>60)
Municipio: Localidad: Longitud:
Finca/Productor: Latitud:
ManejoAgro.: Orgánico: (Si ) (No); (Tecnificado) (Tradicional) Altitud: Has:
ManejoFitos.: (Broca) (Biológico) (Químico) (Ninguno) Variedad: Edadplant.:
Fenología: (Fin Producc.) (Yemas Form.) (Floración) (Inicio Fructificación) (Amarre) Diseñoplant: Regular: Irregular:
• Severidad en Planta
• Severidad en Hoja
• Defoliación de planta
• No. Hojas con roya
• Incidencia
1
• Hojas jóvenes
• Hojas viejas
• Brotación (yema
independiente)
• Floración (botón o
flor)
• Munición (Amarre)
• Fruto Lechoso
• Fruto Consistente
• Fruto Maduro
• Ramas productivas
Daño (%) Fenología (Número)

variables fenológicas seleccionando 1 rama madura y en capacidad productiva por estrato, del eje
principal del dosel de la planta. En caso de que falte una planta de uno de los puntos de muestreo se
procede a desplazar al surco inmediato inferior o a la planta siguiente, esto con el fin de evaluar las
cuatro plantas por punto, debido a que en este tipo de muestreo una planta faltante es crítica. Notar
que en este muestreo se evaluaran variables de mayor precisión por lo que se redujo la intensidad de
muestreo, esto con el fin de asegurar la calidad del dato.
Figura 2. Métodos de muestreo sistemático: A) Sistemático de 100 plantas (4x4) para evaluar
severidad en planta y porcentaje de defoliación. B) Evaluación de severidad en hoja y variables
fenológicas en muestreo 5 de oros compuesto de cuatro plantas por punto, 20 plantas en total.
2.2.5. Evaluación de concentración de nutrientes en follaje y fruto
2.2.5.1. La evaluación de nutrientes se realizará en las 20 plantas seleccionadas con el método
cinco de oros compuesto. El análisis de nutrientes se realizará en peciolo de hojas y frutos
de las plantas de café seleccionadas, para lo cual se utilizarán Ionómetros portátiles de
Nitrato (NO3) y potasio (K) de la marca HORIBA (Figura 3), previamente calibrados.
Figura 3. Ionómetros para evaluación de contenido de Nitratos y Potasio.
2.2.5.2. Para la calibración de los equipos se abre la cubierta del sensor y se enjuaga con agua des
ionizada, posteriormente se seca con sanitas para absorber por capilaridad, sin tallar el
BORD
O
37 plantas
37
pla
nta
s
BORD
O
37 plantas
37
pla
nta
s

sensor. Se coloca un pedacito de papel directamente sobre los sensores y se ponen de 3-5
gotas de la solución estándar (NO3 y K) según sea el caso (Figura 4).
Figura 4. Pasos para realizar la calibración de los Ionómetros.
2.2.5.3. Se colectarán 2 hojas de similar madurez fisiológica, por estrato de cada planta y se
cortará el pecíolo en trocitos, con la ayuda del mortero y una gota de agua des-ionizada se
procederá al macerado. Posteriormente el producto se vaciará en una jeringa de 5 ml (sin
la aguja) y se dejara caer una gota del extracto sobre el sensor de los ionómetros para su
lectura tomando en cuenta el siguiente rango:
2.2.5.4. La toma de datos se realizará de forma manual, es decir, anotando los resultados en el
formato de ubicación del método cinco de oros compuesto (proporcionado en campo), en
partes por millón (ppm). Según donde indique la flecha del ionómetro.
X 1 (0 - 99 ppm)
X 10 (100 - 990 ppm)
X 100 (1000 - 9900 ppm)
3. Desarrollo y validación de una alternativa de escala de severidad de enfermedades del
café
3.1. El desarrollo y validación de la escala puede realizarse con la enfermedad de interés del
equipo, p.e. roya del café, colletotrichum sp., ojo de gallo, etc. En caso de elegir una

enfermedad diferente a la roya del café, realizar un recorrido en la finca para determinar el
máximo nivel de severidad presente.
3.2. Si se elige realizar la escala con roya del café, considerar lo siguiente:
Con base en la evaluación de severidad de roya en hojas, realizada en el apartado
anterior; por equipo, seleccionar de los diferentes niveles de severidad una muestra de 50-
100 hojas. No colectar hojas, excepto con autorización del encargado de la finca.
3.3. Por equipo, tomar fotografías de cada una de las hojas de las muestras seleccionadas.
3.4. En campo se definirá si el desarrollo de una escala alternativa se realizan en plantaciones de
diferentes variedades, edades, manejo, etc.
Tu Turno¡
1. De acuerdo con las propuestas de evaluación de daño de roya del café, su experiencia de
evaluación y el daño observado en campo, ¿Cual método considera que es más exacto y
preciso?
2. En la evaluación de nutrientes, ¿Qué tejido considera que es más representativo para el
objetivo del trabajo?
3. ¿Qué análisis propondría para mostrar el comportamiento de la relación entre la concentración
de nutrientes (NO3 y K) y la severidad de roya evaluada en hojas? Realizar análisis y mostrar
gráficas.
4. Discutir sobre los resultados obtenidos, p.e. si la evaluación de las variables seleccionadas
permitieron obtener los resultados esperados, qué implicación tiene un estudio tan amplio en
la explicación de la inductividad epidémica, etc…
5. Documente fotográficamente y realice un video que muestre los pasos para el armado y
ubicación de la trampa (Apéndice 1).

2.3. Medición de variables de clima: Temperatura, Humedad Relativa, Precipitación y
Humedad de Suelo
2.3.1. Humedad de Suelo
Introducción
El suelo es un sistema natural que consta de una o más sustancias y de una mezcla de interacciones
entre sus tres fases: fase solida (las partículas del suelo), fase liquida (agua) y fase gaseosa (aire)
(Malagón y Montenegro, 1990). La fase solida puede ser mineral u orgánica; la mineral está
compuesta por partículas de distintos tamaños, formas y composición química; la orgánica está
compuesta por residuos vegetales en diferentes etapas de descomposición y organismos en estado de
vida activa. La fase líquida está constituida por el agua en el suelo con sustancias en solución y ocupa
una parte o la totalidad de los poros entre partículas sólidas. La fase gaseosa corresponde al vapor o
aire que ocupa aquel espacio entre poros no ocupado por el agua (Cardona y Cristancho, 2008). El
contenido volumétrico de agua en el suelo (θ) es un parámetro fundamental en agricultura, hidrología
y en todos aquellos estudios relacionados con la dinámica del agua del suelo, tal como describen
Ferré y Topp (2002), las medidas del perfil de suelo pueden realizarse utilizando: sondas verticales de
diferente longitud o sondas horizontales enterradas en el suelo a diferentes profundidades.
Objetivo.- Aprender el uso del sensor de humedad suelo en procesos epidemiológicos.
Materiales:
Sonda PR2/6 100 cm longitud
Consola HH2
Pico para excavar
Varillas de acceso 100 cm
Cables estándar
Software HH2Read 2.6.1 (instalado en PC)

Partes del PROFILE PROBE type PR2

Procedimiento:
Una vez seleccionado el punto donde se desee realizar la medición, se procederá a realizar una
excavación de 1 m de profundidad para la inserción de los tubos de acceso.
Una vez enterrados los tubos de acceso se inserta el sensor PR2/6 dentro del tubo y se conecta a la
consola HH2 con cable directo al sensor:
Obtención de datos: presionar ESC para encendido de la consola, luego presionar la tecla SET y con
las seleccionar DEVICE, una vez seleccionado con las se busca el correspondiente a la sonda
PR2.
Salvado de Datos: Presionar la tecla READ para dar comienzo a la activación de la sonda y posterior
lectura de las 6 profundidades diferentes (100, 200, 300, 400, 600 y 1000 mm respectivamente),
esperar unos segundos a que aparezca los resultados en la pantalla y con las teclas visualizar los
resultados (en porcentaje) de las diferentes profundidades y para rescatar presionar la tecla STORE
para guardar los datos.

Una vez guardado los datos se retira la sonda del tubo de acceso enterrado cuidando que este último
no se salga, obtenidos todos los datos deseados se procede al vaciado a través del software HH2Read
2.6.1.
Tu Turno ¡
Evaluar cada 2 horas
Graficar datos y comparar por equipos
Citas bibliográficas
D. Malagón y H. Montenegro. 1990. Propiedades Físicas de los Suelos. Instituto Geográfico A.
Codazzi.
Cardona Z. J. C., Cristancho F. 2008. La humedad en las propiedades físicas del suelo.
Departamento de Física, Universidad Nacional de Colombia.
Ferré, P.A. y Topp, G.C., 2002. Time Domain Reflectometry. In: Dane, J.H., Topp, G.C. (Eds).
Methods of Soil Analysis. Part 4-Physical Methods, SSSA Book Series No. 5, Madison, WI,
USA, pp. 434-446.

2.3.2. Temperatura y Humedad Relativa
Introducción
La medición del subsistema clima en epidemiología es esencial si se desea desarrollar estudios
mecanísticos más que descriptivos. Esto toma sentido, cuando se quieren asociar variables climáticas
con cambios de intensidad de enfermedad.
La medición de variables climáticas ha evolucionado substantivamente pasando de equipos
mecánicos y de registro manual a sistemas automatizados que permiten localmente registrar la
información en sistemas computarizados. El empleo de estaciones climatológicas portátiles ha
permitido revolucionar los estudios epidemiológicos por su versatilidad, costo y eficiencia.
Los dataloggers son muy útiles en estudios de campo donde un equipo más grande y costoso,
como una estación climatológica portátil, puede ser vandalizado o se tienen restricciones de conexión
a una fuente de energía eléctrica, aunque este último se puede subsanar mediante el uso de paneles
solares. Adicionalmente, los dataloggers pueden colocarse a diferentes alturas del dosel de la planta,
cámaras de incubación en campo, invernaderos y cámaras de crecimiento. Un aspecto importante en
el uso de dataloggers es la capacidad de memoria, lo cual determina el número de mediciones
almacenadas y el periodo de registro de datos. Descargar los datos oportunamente a una computadora
portátil evita la pérdida de información. Una desventaja es que estos equipos son delicados y de
cortas duración. Sin embargo, su bajo costo ($2,200) hace viable su uso intensivo.
En esta práctica se demostrará el uso y manejo del datalogger para el empleo de variables climáticas
en estudios epidemiológicos y la estimación de la precipitación
Objetivo
Registrar variables de temperatura, humedad relativa y precipitación en la finca Roma,
Veracruz.
1. Variables Meteorológicas
Variables que se pueden obtener del equipo:
Temp – Temperatura promedio del aire durante el intervalo de 1 hora, unidad °C
HR- Humedad Relativa promedio durante el intervalo de 1 horas, está dada en %
Precipitación
Tu Turno ¡
Aplicación y uso en campo
Defina una colocación por altura que le corresponda a su equipo. Se sugiere una altura del
dosel máximo de la variedad Arabiga y a la mitad de la misma.
Programe y deje el datalogger en la planta a 5 metro de la trampa orientado hacia el norte
Recoger el datalogger a las 24 horas (domingo)
Registrar el tiempo de retiro para ajustar en gabinete
Para la precipitación se usará dispositivo de la TIDE relativa al escurrimiento

Anexo. Configuración, ubicación y descarga de datos de datalogger (HOBO Pro V2)
1. Configuración del datalogger
Abrir HOBOware Pro. Dar click en Iniciar dispositivo (1). Se abrirá la ventana Iniciar registrador
(2). En esta ventana se describen las características del equipo (3), los sensores (4) y el intervalo del
registro (5).
En el Intervalo de registro (5), se determina el tiempo que quiere que registre el datalogger. Para el
caso de roya, se requiere que las variables de temperatura y humedad se registren a intervalos de1
hora (1).
1
2
3
4
5

Determinado el intervalo de medición, se establece la fecha y hora que se requiere inicie el equipo las
mediciones (1). Se da clic en inicio (2).
Darl clic en el icono Estado del dispositivo (1) para ver la configuración hecha. Se abrirá la ventana
de Estado con la Identificación del dispositivo y los detalles del dispositivos (2), en donde se
podrán verificar la configuración que se hizo. Dar clic en aceptar (3).
Hasta aquí el datalogger está listos para usarse y comenzar a registrar datos.
1
1
2

2. Ubicación de los datalogger en la finca “Roma”
Los dataloggers se colocarán a diferentes alturas del dosel de la planta, que será definida
directamente en campo en función de la tipología del huerto y de la colocación de las trampas.
La finalidad será registrar la medición de las variables climáticas, las cuales pueden estar asociadas
con el subsistema patógeno y que son usadas en modelos de pronósticos.
3. Descarga de datos del dispositivo
Para la descarga de los datos del equipo HOBO Pro v2, primeramente se debe Parar el dispositivo
(1). Se verifica que el equipo se haya detenido dando click en Estado (2).
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3
2
1
2

Dar click en Leer el dispositivo (1) y automáticamente se abrirá la ventana de Guardar (2). Se elige
el lugar donde se guardarán los datos (3), se da el Nombre del archivo que se está descargando (4) y
por último, Guardar (5).
Automáticamente, se abre otra ventana para Configuración de trazado (1) en donde se muestra la
serie para trazado (2), los eventos internos del registrador (3) y el asistente de trazado (4). Dar
click en Trazado (5).
Al dar ok en Trazado, se abre la ventana del Archivo guardado (1) donde se muestran los datos
registrados en forma tabular (2) y grafica (3). Los datos de la tabla (4) se pueden exportar a Excel
para manejo de la información.
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32
1
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2
4
5

Cuando se abra la ventana de Exportar (1), se seleccionan las variables medidas (2). Dar clik en
Exportar (3).
Se guarda (1) el archivo exportando en formato Excel en la carpeta que esté utilizando. Dar click en
guardar (2).
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1
3
2

Finalmente, se tiene el archivo en formato Excel para manejo de la información.
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Apéndice 1. Uso y aplicación de herramientas audiovisuales en diagnósticos epidemiológicos.
Justificación:
El uso de herramientas audiovisuales en diagnósticos epidemiológicos toma sentido cuando se busca
complementar un determinado estudio. Para el desarrollo de la presente se busca la reproducibilidad
de la TIDE dado su carácter de uso general y la necesidad de garantizar que la trampa cumpla con las
características mínimas de diseño previstas durante su desarrollo.
En este contexto, el uso de un video y una galería fotográfica detallada ofrece garantizar, al menos, la
comprensión del enfoque y principios implícitos en el desarrollo de la TIDE. Así mismo, la
multiplicación de este material permite facilitar los procesos desde el armado del prototipo de TIDE, .
Objetivo:
Realizar un video y una galería fotográfica que permita sistematizar las actividades realizadas
durante la práctica.
Procedimiento:
Documente fotográficamente cada uno de las actividades realizadas en campo:
o Armado de TIDE
o Colocación y geo-posicionamiento de trampas y dataloggers
o Escala de severidad
o Medición de humedad de suelo
o Medición de nutrientes
Realice un video de los elementos anteriores considerando:
o Duración máxima por actividad: 2 minutos.
Tu Turno ¡
Edite el video empleando software especializado (p.e. moviemaker u otros) de tal forma que
el video realizado cumpla con las especificaciones de tiempo mencionadas anteriormente.
Arme el compendio de fotografías organizadas de forma sistematizada en formato JPG.
Entregue ambos productos en un CD.

Apéndice_2. Uso y aplicación de dispositivos de información geográfica para la planeación y
desarrollo de actividades en campo: caso de GPS.
Introducción
El uso de las tecnologías de Sistemas de Posicionamiento Global (GPS) es una herramienta que ha
sido usada en agricultura de precisión, en parte, para ajustar las prácticas agrícolas a las necesidades
de las plantas, para reducir el impacto ambiental y para aumentar la competitividad a través de una
mayor eficacia de esas prácticas agrícolas.
En estudios espaciales, el uso del GPS junto con los Sistemas de información geográfica ha
presentado un crecimiento en los últimos años (Nelson et al., 1999). El GPS se ha usado en la
manipulación y presentación de datos con componentes espaciales. La asociación de los datos
georeferenciados posibilita evidenciar relaciones entre los componentes de un sistema, por la
integración de mapas con información espacial. Recientemente ha sido utilizado en estudios de
distribución espacial de plagas a nivel parcela y regional (Nelson, 1999), permitiendo la comparación
de cambios temporales en la distribución espacial (Lecoustre et al., 1989; Gavassoni et al., 2001).
En esta sección se explican algunas de las operaciones más comunes utilizadas en estudios
epidemiológicos que se pueden realizar con el GPS.
Objetivo
Georreferenciar las trampas de esporas y los dataloggers
Planificar una ruta de vigilancia con los puntos georreferenciados de las trampas
Buscar los puntos georreferenciados a través de la ruta.
Procedimiento
Objetivo 1. Georreferenciar las trampas de esporas y los dataloggers
Definidos los equipos en el campo, se hará uso del GPS (eTREX 30) para georeferenciar las trampas
y los dataloggers a través de la herramienta waypoint.
1.1.Waypoints
Los waypoints son ubicaciones que se graban y se guardan en el dispositivo.
1.1.1. Creación de un waypoint
Puedes guardar la ubicación actual como un waypoint.
1. Selecciona Marcar waypoint.
2. Selecciona una opción
Para guardar los waypoint sin los cambios, selecciona Hecho.
Para hacer cambios en el waypoint, selecciona un atributo, realiza los cambios y
selecciona Hecho.

Registrados los waypoint en campo, los equipos compartirán las coordenadas geográficas de sus
trampas, con la finalidad de que cada uno elabore una ruta de vigilancia.
1.1.2. Búsqueda de un waypoint
2. Selecciona Destino>Waypoints.
3. Selecciona un waypoint.
4. Selecciona ir.
Objetivo 2. Planificar una ruta de vigilancia con los puntos georreferenciados de las trampas
2.1.Creación de una ruta de vigilancia de roya del cafeto
Una ruta es una secuencia de waypoints que te llevan a tu destino final.
La ruta de vigilancia se establecerá con el fin de revisar cada una de las trampas de espora, en donde
se retirarán los portaobjetos para conteo de las espora. Estará conformada por los 12 puntos
correspondientes a las 12 trampas establecidas.
1. Selecciona Planificador de ruta > Crear ruta > Seleccionar primer punto.
2. Selecciona una categoría.
3. Selecciona el primer punto de la ruta.
4. Selecciona Utilizar.
5. Repite los pasos 2-4 hasta que la ruta esté completa.
6. Selecciona back para guardar la ruta.
Objetivo 3. Buscar los puntos georeferenciados a través de la ruta.
3.1. Navegación a un destino
Puedes navegar a tu destino utilizando el mapa o la brújula.
1. Selecciona Destino.
2. Selecciona una categoría.
3. Selecciona un destino
4. Selecciona Ir.
La página Mapa se abre con la ruta marcada con una línea magenta.
5. Navega utilizando el mapa o la brújula.

3.2. Navegación con un puntero de rumbo a waypoint utilizando el mapa
El eTrex 30 tiene una brújula electrónica de tres ejes.
Cuando navegas a un destino, el puntero de rumbo a waypoint señala al destino, independientemente
de la dirección en la que te estés desplazando.
1. Comienza la navegación hacia un destino.
2. Selecciona Brújula.
Gírala hasta que apunte hacia la parte superior de la brújula y continúa moviéndote en esa dirección
hasta llegar al destino.
TU TURNO¡
Para la realización de la presente actividad cuenta con un tiempo máximo disponible de 1 hora.
1. Busca los siguientes focos de alta intensidad epidémica de Roya del Café usando la opción
„búsqueda‟ del GPS. Ubica los puntos en Google Earth y determina el radio de dispersión.
1) 19.46255, -96.87930
2) 19.4644, -96.8908
3) 19.4571, -96.8786
4) 19.472, -96.8741
5) 19.4647, -96.8682
2. Con fines de seguimiento de evaluación de variables en la parcela centinela seleccionada en la
práctica 2.2.1, geo-posiciona los 4 puntos que la delimitan y obtén un polígono (a partir de los 4
puntos) para cumplir este objetivo.
3. Con el fin del monitoreo de Roya del café, establece ruta de trampeo con las georreferencias
obtenidas en las 12 trampas colocadas en la práctica 1. Interactúa con el resto del grupo para
obtener información.
4. ¿Cuáles son las ventajas y aplicaciones de la ubicación de puntos individuales o polígonos?
Explica.

MATERIALES
Protocolo de práctica impreso y en Moodle
Dataloggers (6)
GPS (6)
Pilas para GPS
Trampas (13)
Escalas de severidad impresas y plastificadas (6)
Formatos de evaluación para campo (impreso y en Moodle)
Cámara video y fotográfica
Marcadores
Pizarrón
Borrador
Aerosoles
Portaobjetos y cubreobjetos
Sujetadocumentos
Ionómetros
Sanitas
Tijeras
Hieleras
Bolsas
Mortero
Piceta
Microscopio
Pinzas
Calculadora
Marcadores permanentes
Engrapadora
Cubiertas plásticas
Vaselina (Liquida y Solida)
Pincel para untar vaselina
Folders
Contador esporas
Agua destilada
Agua des-ionizada
Jeringas
Tuvo PVC (1.45 m)
Frascos para colecta de agua
Cinchos
Flexómetro
Martillo
Clavo
Cinta canela
Desarmadores

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