Sistemas de informacion
Descargar como PPTX, PDF0 recomendaciones282 vistas
Este documento describe los sistemas de información en bioinformática. Explica que los sistemas de información son conjuntos de elementos como hardware, datos, software y procedimientos que administran información de manera organizada. Luego describe varios tipos de bases de datos bioinformáticas como las de nucleótidos, proteínas y microarrays que almacenan y proveen acceso a enormes cantidades de información genómica y otros datos biológicos. Finalmente, enfatiza que los sistemas de información deben brindar estructuras robustas y flexibles para gest
Sistemas de informacion
- 1. SISTEMAS DE INFORMACIÓN CARLOS RODRIGUEZ JONATHAN NARVAEZ
- 2. ¿Que Es? Los sistemas de información son un conjunto de elementos que administran información y organizados de una manera acorde a la organización cubren necesidades y/o objetivos.
- 3. Elementos de un Sistema de Información Hardware Datos Recurso Humano Software Procedimientos
- 4. Clasificación de los SI
- 5. Información en la era genómica El proyecto genoma humano y similares genera un inmenso flujo de información Para poder utilizar esta información, ha de estar almacenada correctamente El acceso a la información almacenada ... Ha de ser rápido Debe poder hacerse de manera flexible Esto es posible gracias a la creación de bases de datos y distribución vía Internet. 4
- 6. Para que se utilizan las bases de datos ? Búsqueda de información. Por palabra clave, números de acceso, autores... Búsqueda de homologías ¿Hay secuencias igual o parecidas a la mía ? Búsqueda de patrones ¿Mi secuencia contienen patrones conocidos? Predicciones ¿Puedo encontrar proteínas parecidas a la mía, pero con función conocida? 5
- 7. Aspectos a tener en cuenta Los proveedores de recursos Centros o organizaciones especializadas en tener y mantener las bases de datos. Bases de datos Hay mucha variedad y contiene información diversa Las herramientas Para encontrar información en las BD Para contrastar secuencias contra las BD Para exportar la información 6
- 8. Principales proveedores de recursos El National Center for Biotechnology Information (NCBI) centraliza los bancos de datos y aplicacions de EEUU El European Bioinformatics Institute (EBI) realiza una función similar en Europa GenomeNet reune bases de datos diversas en Japón 7
- 9. Principales bases de datos en Bioinformática
- 10. Tipos de bases de datos Existen cientos de BD en número tan elevado que no es práctico enumerarlas (aunque aquí lo intentan) Por el tipo de información que contienen distinguimos Bases de datos bibliográficas Bases de datos taxonómicas Bases de datos de nucleótidos Bases de datos genómicas Bases de datos de proteinas Bases de datos de microarrays 9
- 11. Bases de datos bibliográficas Organización de los artículos publicados en la revistas de ámbito científico. Pubmed (NCBI) Medline (EBI) Biocatalog: organización de los artículos por temáticas concretas de biología molecular. 10
- 12. Bases de datos taxonómicas Son BD que contienen información sobre la clasificación de los seres vivos Esta clasificación es básicamente jerárquica y basada en información molecular Pretende clasificar cualquier organismo del que se posea como mínimo una secuencia de acidos nucléicos Como puede suponerse el proyecto no está libre de controversia debido a las visiones diferentes que existen en la comunidad taxonómica 11
- 13. Bases de datos de nucleótidos Las bases de datos de ácidos nucleicos reciben las secuencias de los laboratorios experimentales y las organizan haciéndolas accesibles a diario a toda la comunidad científica Existen varias BD que intercambian diariamente su contenido Genbank (NCBI) EMBL (EBI) KEGG (Genome net) 12
- 14. Bases de datos de genomas Se encargan de mantener y actualizar las secuencias y las anotaciones de genomas completos. Ensembl (EBI) Genome viewer (NCBI) Goldenpath (UCSC) Existen también recursos genómicos especializados Transfact: sitios de unión a factores de transcripción. EST: Expressed Sequence Tags UTRDB: Untranslated regions SpliceSitesDB: Pares de señales de splicing 13
- 15. Bases de datos de proteínas Secuencias primarias de aminoácidos Sin revisión humana Trembl (EBI) nr (NCBI) Con revisión de la anotación Swisprot (EBI) Bases de datos de proteomas Proteome analysis (EBI) 14
- 16. Proteínas (II) Estructuras secundarias o dominios. Varían según la fuente de las proteínas y el análisis que se realiza sobre ellas. BLOCKS: Motivos alineados de PROSITE/PRINTS PROSITE: Expresiones regulares sobre Swiss-prot PRINTS: Conjunto de motivos que definen una familia sobre Swiss-prot/TrEMBL PFAM: Modelos de Markov sobre Swiss-prot INTERPRO: Integra la información de muchas bases de datos de dominios. 15
- 17. Proteínas (III) Estructuras tridimensionales de macromoléculas con las coordenadas en el espacio de cada átomo. PDB: Base de datos principal de estructuras tridimensionales CATH: Clasificación de PDB en diferentes grupos funcionales y estructurales MMDB: subset de PDB mantenido por NCBI MSD: subset de PDB mantenido por EBI 16
- 18. Bases de datos de microarrays Bases de datos con las imágenes y resultados obtenidos por arrays de expresión. ArrayExpress (EBI) Riken Expression Array Database Eisen Laboratory (Lawrence Berkeley National Lab) 17
- 19. El formato de la información 18
- 20. Estructura de las BD La calidad de la información en una base de datos, está muy relacionas con su estructura Este aspecto también es crucial para su eficiencia y accesibilidad . En la actualidad no existe ningún formato único y estándar, usualmente cada base de datos impone su propio formato. 19
- 21. SI en Bioinformática ● Systems Biology Markup Language (SBML) es un formato legible por ordenador para representar los modelos de reacciones bioquímicas. es aplicable a las redes metabólicas, las vías de señalización celular, redes de regulación genómica, y muchas otras áreas de la biología de sistemas. ● Modeler’s Notebook and Datastore (MONOD)Es un paquete de software de código abierto para la organización de los conocimientos biológicos. ● Laboratory Information Management System (LIMS)
- 22. LIMS Es un conjunto de herramientas basadas en sistemas informáticos que permite la adquisición y gestión de toda la información generada en el laboratorio.
- 23. Por qué un LIMS ● Volumen de Datos ● Restricción al acceso en la entrada y/o visualización de datos. ● Control automático de la validez de los datos entrados. ● Conexión con los instrumentos del laboratorio. ● Uso de Códigos de Barras ● Cálculos automáticos ● Generación automática de informes y gráficos sin necesidad de escribir información de nuevo. ● Chequeo automático de especificaciones
- 24. Beneficios ● Acceso rápido a la Información ● Reducir trabajo manual ● Reducción de errores ● Mejoramiento de la productividad ● Integración con otros sistemas ● Reducción en la transcripción de Información ● Validaciones Automáticas ● Mejoramiento en la generación de reportes y su respectivo Analisis
- 25. Aplicaciones Principalmente en laboratorios de Investigación Cientifica ● Industria Farmacéutica ● Biotecnología ● Ciencias de la Vida Los LIMS suelen manejar información relacionada con ● Fuentes de Información ● Metodos de Analisis ● Pruebas ● Resultados ● Parametrizaciones ● Mecanismos de Control
- 26. Conclusión ● El activo más importante en las organizaciones actualmente es la información, la cual representa el conocimiento y el desarrollo. ● Un sistema de información debe tener total disponibilidad de información brindado una estructura robusta y flexible preparada para futuros cambios.