BID CE Workshop 1 - session 11 - Basic concepts about biodiversity data quality
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Le document présente les concepts de publication de données sur la biodiversité, notamment les classes de jeux de données tels que les occurrences, les listes d'espèces et les données d'échantillonnage. Il aborde également les méthodes de publication de données via l'IPT, un outil serveur qui permet d'héberger et de gérer plusieurs ensembles de données. Enfin, il souligne l'importance des licences et des métadonnées pour garantir l'accessibilité et l'utilisation appropriée des données.
BID CE Workshop 1 - session 11 - Basic concepts about biodiversity data quality
- 1. August 24th, 2016 THE BID PROGRAMME IS FUNDED BY THE EUROPEAN UNION Data publishing concepts and introduction to the IPT Nicolas Noé
- 2. August 24th, 2016 THE BID PROGRAMME IS FUNDED BY THE EUROPEAN UNION Publication de données: concepts et introduction à l’IPT Nicolas Noé
- 3. Publishing “Publishing” refers to making biodiversity datasets publicly accessible and discoverable, in a standardized form, via an access point, typically a web address (a URL). Publishing
- 4. Publication “La publication a pour but de rendre un jeu de données de biodiversité accessible publiquement et découvrables, dans un format standardisé via un point d’accès, typiquement un adresse (URL).” Publication
- 7. Classes of dataset: occurrences Datasetclasses Digital text or multimedia data record detailing facts about the instance of occurrence of an organism, i.e. on the what, where, when, how and by whom of the occurrence and the recording.
- 8. Type de jeu de donnée: occurrences Typedejeudedonnées Texte numérisé ou données multimédia détaillants des faits sur l’occurrence d’un organisme: le quoi, où, quand, comment et par qui de l’occurrence et de son enregistrement.
- 9. Classes of dataset: checklist “A catalogue or list of named organisms, or taxa.” Possibly also: vernacular names, literature, relationships, ... Typically categorize information along taxonomic, geographic, and thematic lines, or some combination of the three. Datasetclasses
- 10. Type de jeu de données: checklist / liste d’espèce “Un catalogue, ou une liste de taxons.” Éventuellement aussi: noms vernaculaires, citations, ... Classent généralement l’information par taxonomie, géographie et statut ou en combinant les trois. Typedejeudedonnées
- 11. Classes of dataset: sampling-event Datasets sometimes provide greater detail, not only offering evidence that a species occurred at a given location and date, but also making it possible to assess community composition for broader taxonomic groups or even the abundance of species at multiple times and places. These datasets typically derive from standard protocols for measuring and monitoring biodiversity like vegetation transects, bird censuses and freshwater or marine sampling. By indicating the methods, events and relative abundance of species recorded in a sample, these datasets improve comparisons with data collected using the same protocols at different times and places—in some cases, even leading researchers to infer the absence of particular species from particular sites. Datasetclasses
- 12. Type de jeu de données: données d’échantillonage Parfois, les ensembles de données fournissent de plus amples détails, mettant en évidence non seulement l’enregistrement d’une espèce à un endroit et une date donnée, mais également la possibilité d’évaluer la composition des communautés de groupes taxonomiques plus larges ou même l’abondance des espèces en plusieurs moments et lieux. Ces ensembles de données proviennent généralement des protocoles standards développés pour mesurer et suivre la biodiversité comme les transects, les comptages d’oiseaux ou les prélèvements d’eau de mer ou d’eau douce. En indiquant, lors d’un échantillonnage, les méthodes, événements et l’abondance relative des espèces enregistrées, ces ensembles de données améliorent les comparaisons pouvant être faîtes avec des données collectées en utilisant les mêmes protocoles à différents endroits et moments - dans certains cas, cela permet aux chercheurs d’en déduire l’absence d’espèces particulières sur des sites spécifiques Typedejeudedonnées
- 13. Classes of dataset: metadata-only ● “Data about data” ● Always mandatory ● Very important to assess fitness for use Datasetclasses
- 14. Type de jeu de données: métadonnées uniquement ● “Données sur les données” ● Toujours obligatoire ● Crucial pour l’adéquation à l’usage Typedejeudedonnées
- 15. Licenses ●Everything at GBIF now has a licenses ●Choice between: • Public domain: CC0 • Creative Commons Attribution: CC-BY • Creative Commons Attribution Non Commercial: CC- BY-NC Licenses
- 16. Licences ●Toutes les données GBIF on maintenant une licence claire ●Choix possibles: • Domaine public: CC0 • Creative Commons Attribution: CC-BY • Creative Commons Attribution Non Commercial: CC- BY-NC Licences
- 17. Darwin Core, Simple Darwin Core and Darwin Core Archive Darwin Core: a list of terms Darwincore
- 18. Darwin Core, Simple Darwin Core et Darwin Core Archive Darwin Core: une liste de termes Darwincore
- 19. Darwin Core, Simple Darwin Core and Darwin Core Archive Simple Darwin Core: Darwin Core expressed in a simple table structure. Darwincore
- 20. Darwin Core, Simple Darwin Core et Darwin Core Archive Simple Darwin Core: Darwin Core exprimé sous forme de structure tabulaire simple Darwincore
- 21. Darwin Core, Simple Darwin Core and Darwin Core Archive Darwin Core Archive: more complex format, allows extensions. Extensions
- 22. Darwin Core, Simple Darwin Core et Darwin Core Archive Darwin Core Archive: un format plus avancé, qui permet l’usage d’extensions. Extensions
- 24. Méthodes de publication de données Publication
- 25. Data Publishing method: IPT ●Server-side software, needs a stable connection ●One IPT can host many datasets, on behalf of several institutions, while giving proper credit ●Main (but not only) publishing tool for GBIF ●Test mode and production mode ●Multilingual IPT
- 26. Méthode de publication: IPT ●Logiciel serveur, nécessite une connexion stable ●Un IPT peut héberger plusieurs datasets, pour plusieurs institutions, et toujours donner crédit/attribution ●Modes test et production IPT
- 27. STEP 1: Get access and log in an IPT instance
- 28. Etape 1: Accédez à l’IPT et connectez-vous !
- 29. STEP 2: Create a new resource
- 30. Etape 2: Création d’une nouvelle ressource
- 31. STEP 3: Get familiar with the main resource configuration page
- 32. Etape 3: Familiarisez-vous avec la page de configuration de la resource
- 33. STEP 4: Author metadata
- 34. Etape 4: Rédigez les métadonnées
- 35. STEP 5: Publish, make visible and register the dataset
- 36. Etape 5: Publiez, rendez visibles et enregistrez l’IPT
- 37. August 24th, 2016 THE BID PROGRAMME IS FUNDED BY THE EUROPEAN UNION Data publishing concepts and introduction to the IPT Nicolas Noé
- 38. August 24th, 2016 THE BID PROGRAMME IS FUNDED BY THE EUROPEAN UNION Publication de données: concepts et introduction à l’IPT Nicolas Noé