![COSMOMC インストール手順覚え書き
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% sudo mkdir /usr/local/bin
パスが通っていない場合、このフォルダにパスを通す。
~/.bash_profile
if [ -f ~/.bashrc ]
then
. ~/.bashrc
fi
~/.bashrc
export PATH="$PATH:/usr/local/bin"
2.4. ファイルの移動
解凍して出てくる「g95-install」フォルダを /usr/local フォルダに移動する。
% sudo mv g95-install /usr/local/g95
2.5. シンボリックリンクの作成
実行ファイルへのシンボリックリンクを作成する。
% sudo ln -s /usr/local/g95/bin/*g95* /usr/local/bin/g95
3. WMAP5 を利用できるようにする
WMAP5 を利用するために、CFITSIO のインストールと、「WMAP Likelihood Software
With Data」のインストールが必要となる。
3.1. CFITSIO のインストール
3.1.1. パッケージのダウンロード
公式ホームページ (http://heasarc.gsfc.nasa.gov/fitsio/) より、「Latest fully
s u p p o r t e d r e l e a s e 」 の バー ジョ ン を ダ ウ ン ロ ー ド す る 。 こ れ を 書 い た 時 点 で
は、cfitsio3140.tar.gz をダウンロードした。](https://image.slidesharecdn.com/cosmomcinstall-091104201947-phpapp02/85/Cosmomc-2-320.jpg)
Cosmomc
- 1. COSMOMC インストール手順覚え書き 1 COSMOMC インストール手順覚え書き 沼田 哲史 2009年5月20日 1. はじめに Intel Mac 上の Mac OS X 10.5.7 以降でインストールを行うことを前提とする。Mac OS X 10.5 に付属の Developer Tools を事前にインストールしておくことが必要である。なお、 できれば最新版を Apple の公式サイトよりダウンロードして利用されたい。 COSMOMC では、線形代数計算のための LAPACK が必要であるが、Mac OS X 10.5 に はデフォルトで LAPACK がインストールされている。なお、Mac OS X にデフォルトでイン ストールされている OpenMPI は Fortran 90 をサポートしていないので、OpenMPI を利用し たプログラミングはできないことに留意されたい。 2. Fortran コンパイラのインストール F o r t r a n 9 0 互 換 の F o r t r a n コ ンパ イ ラ を イ ンス ト ール す る 。 筆 者 は 、 「 G 9 5 (http://www.g95.org/)」を用いた。 2.1. パッケージのダウンロード http://www.g95.org/downloads.shtml より、「x86 OSX」をダウンロードする。 使用した G95 のバージョンは、G95 0.92（2009.05.06 ビルド版）である。なお、ソース コードからコンパイルするのは、特定のバージョンの gcc を利用したり、パッチを当ててい く必要があるらしいのでパスした。 2.2. パッケージの解凍 パッケージは、「ターミナル」アプリケーションから、「tar」コマンドを使用して解凍 する（以下すべてのケースで同様）。Finder 上でのダブルクリックによる解凍は避けた方が 良い。 % tar xzvf g95-x86-osx.tgz 2.3. インストール先の用意 /usr/local/bin フォルダがない場合、作成する。
- 2. COSMOMC インストール手順覚え書き 2 % sudo mkdir /usr/local/bin パスが通っていない場合、このフォルダにパスを通す。 ~/.bash_profile if [ -f ~/.bashrc ] then . ~/.bashrc fi ~/.bashrc export PATH="$PATH:/usr/local/bin" 2.4. ファイルの移動 解凍して出てくる「g95-install」フォルダを /usr/local フォルダに移動する。 % sudo mv g95-install /usr/local/g95 2.5. シンボリックリンクの作成 実行ファイルへのシンボリックリンクを作成する。 % sudo ln -s /usr/local/g95/bin/*g95* /usr/local/bin/g95 3. WMAP5 を利用できるようにする WMAP5 を利用するために、CFITSIO のインストールと、「WMAP Likelihood Software With Data」のインストールが必要となる。 3.1. CFITSIO のインストール 3.1.1. パッケージのダウンロード 公式ホームページ (http://heasarc.gsfc.nasa.gov/fitsio/) より、「Latest fully s u p p o r t e d r e l e a s e 」 の バー ジョ ン を ダ ウ ン ロ ー ド す る 。 こ れ を 書 い た 時 点 で は、cfitsio3140.tar.gz をダウンロードした。
- 3. COSMOMC インストール手順覚え書き 3 3.1.2. パッケージの解凍 % tar xzvf cfitsio3140.tar.gz % cd cfitsio 3.1.3. ビルドとインストール http://heasarc.gsfc.nasa.gov/fitsio/ より、「Latest fully supported release」の バージョンをダウンロードする。これを書いた時点では、cfitsio3140.tar.gz をダウン ロードした。 % ./configure --prefix=/usr/local % make % sudo make install なお make 時に、Mac OS X 10.5.7 の Intel Mac 上では以下の警告メッセージが表 示されるが、無視して構わない。 ranlib: file: libcfitsio.a(drvrgsiftp.o) has no symbols ranlib: file: libcfitsio.a(drvrgsiftp.o) has no symbols 3.2. WMAP Likelihood Software With Data のインストール 3.2.1. パッケージのダウンロード 公式ホームページ (http://lambda.gsfc.nasa.gov/) より、「PRODUCTS」- 「WMAP」-「Software」と っ て 、 「 L i k e l i h o o d C o d e 」 の 「 D o w n- load」より「Likelihood Software With Data」をダウンロードする。 これを書いた時点では、wmap_likelihood_full_v3p2.tar.gz の1.0GB のファイルをダ ウンロードした。 3.2.2. パッケージの解凍 % tar xzvf wmap_likelihood_full_v3p2.tar.gz 3.2.3. 適当なフォルダへの移動 % sudo mv likelihood_v3 /usr/local/
- 4. COSMOMC インストール手順覚え書き 4 3.2.4. 設定ファイルの編集 /usr/local/likelihood_v3/WMAP_5yr_options.F90 を編集し、12行目を次のように 変更する。 character(len=*), parameter :: WMAP_data_dir = '/usr/ local/likelihood_v3/data/' 3.2.5. 必要なファイルのコンパイル /usr/local/likelihood_v3/Makefile を、以下のように書き換える。 先頭の CFITSIO のパス設定を次のようにする。 CFITSIO=/usr/local #CFITSIO=/home/nolta/local デフォルトの F90 および FFLAGS、INCS、LIBS などの設定をすべてコメントアウ トし、G95 用の次の設定を書き加える。 F90 = g95 FFLAGS = -O2 -ffree-line-length-huge all ターゲットを、次のように変更する。 all: $(WMAPLIB) test ↓ all: $(OBJS) 次のようにして、必要なファイルをビルドする。 % cd /usr/local/lib % make all
- 5. COSMOMC インストール手順覚え書き 5 4. COSMOMCのインストール 4.1. パッケージのダウンロード 公式ホームページ (http://cosmologist.info/cosmomc/) より、「ReadMe」- 「Downloading and Compiling」より、ダウンロード場所をメールで送ってもら い、cosmomc.tar.gz をダウンロードする。 4.2. パッケージの解凍 % tar xzvf cosmomc.tar.gz 4.3. camb の Makefile ファイルの編集 camb フォルダの Makefile ファイルを開き、先頭の2行をコメントアウトする。 #F90C = ifort #FFLAGS = -openmp -O2 -ip -W0 -WB -fpp2 -vec_report0 G95 に関する部分のコメントアウトを外す。 #G95 compiler F90C = g95 FFLAGS = -O2 4.4. camb のビルド % cd camb % make all 4.5. source の ビルド 4.5.1. Makefile の編集 source フォルダの Makefile ファイルを開き、以下のように編集する。 CFITSIO のパス設定を変更する。
- 6. COSMOMC インストール手順覚え書き 6 cfitsio = /usr/local/cfitsio/intel10/64/3.040 ↓ cfitsio = /usr/local WMAP のパス設定を変更する。 WMAP = /home/aml1005/WMAP5/likelihood_v3 ↓ WMAP = /usr/local/likelihood_v3 Intel MPI のための設定をすべてコメントアウトする。 #F90C = mpif90 #FFLAGS = -O2 -ip -W0 -WB -openmp -fpp -DMPI -vec_re- port0 #LAPACKL = -L/usr/local/intel/mkl/9.1/lib/em64t -lmkl_lapack -lmkl_em64t -lguide -lpthread G95 のための設定を、その下あたりに追加する。 F90C = g95 FFLAGS = -O2 -ffree-line-length-huge LAPACKL = -llapack -lblas 4.5.2. source をビルドする。 % cd ../source % make all 4.6. 完了 以上で「cosmomc」フォルダに「cosmomc」という実行ファイルが出来ているので、以 下のようにしてこれを実行する。 % cd .. % ./cosmomc params.ini
- 7. COSMOMC インストール手順覚え書き 7 COSMOMC の実行例 % ./cosmomc params.ini Random seeds: 0, 22989 rand_inst: 0 Computing tensors: F Doing CMB lensing: T lmax = 2100 Number of C_ls = 3 Varying 7 parameters ( 0 fast) reading: params_CMB.covmat starting Monte-Carlo reading WMAP5 data Initializing WMAP likelihood, version v3 0 rat: 0.3968254 in 126 (M) best: 1393.514 0 rat: 0.3773585 in 265 (M) best: 1337.2715 0 rat: 0.3579952 in 419 (M) best: 1329.9503 0 rat: 0.36166364 in 553 (M) best: 1329.6683 ...