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Biología
     Grado de Medicina
Marcelo Andrade Silami
 Jonathan Mañas Tomás
Francesc Quilis i Gómez
¿Qué es la epigenética?
 Etimología. Prefijo griego ἐπι-
 Definiciones:
   1942 – C.H. Paddington: “the causal mechanisms by
    which the genes of the genotype bring about phenotypic
    effects”.
   1996 – A.D.Riggs: “the study of mitotically and/or
    meiotically heritable changes in gene function that
    cannot be explained by changes in DNA sequence”.
Ahora, vamos a entenderlo




    Hardware
Otra manera de verlo




     Epigenética   Genética
Antes de seguir, una
recomendación…
Epigenética en acción




                             Gemelos monocigóticos
                                (esquizofrenia)

Hambruna holandesa de 1944                           Maltrato infantil
En definitiva…
 Siglo XIX
    Darwin: Evolución
    Mendel: Genética
 Siglo XX
    Watson y Crick: DNA
 Siglo XXI
    Epigenética
Vamos a ver tres mecanismos:

Metilación del DNA
Modificación de histonas
Silenciamiento génico
Metilación del DNA
Conceptos previos

 DNA: la información genética se codifica en una
 cadena de nucleótidos.

 Nucleótido: Unión covalente de:
      Desoxirribosa + Base nitrogenada + Grupo Fosfato
                         G, A, T, C          p
Veámoslo gráficamente…

 Bases nitrogenadas:
    G: Guanina
    A: Adenina
    T: Timina
    C: Citosina
Más conceptos…
 Sitios CpG
    C: nucleótido de Citosina
    p: grupo fosfato
    G: nucleótido de Guanina


 Islas CpG: regiones del genoma con alta
  concentración de sitios CpG
Tres conceptos más…

 Promotor: la región del ADN que inicia la
 transcripción de un gen determinado.

 Islas CpG: se concentran especialmente en la región
 promotora de los genes.

 Metilación: añadir un grupo metilo (-CH3) a una
 molécula
Combinemos los conceptos:
 Metilación del DNA       ocurre en las islas CpG
   Citosina se convierte en 5-metilcitosina


 Islas CpG (región promotora)    la metilación del
  DNA implica la pérdida de la expresión génica
¿Y para qué sirve saber esto?

 Antes de contestar… un concepto más:
    TSG: Tumor Suppressor Genes


 Si la metilación del DNA (en las islas CpG) afecta la
 expresión génica…

 ¿Qué pasa si se dejan de expresar los TSGs?
Veámoslo gráficamente…
Pues sirve para dos cosas:

 1. Detección precoz. Ejemplos:
   TSGs metilados en el esputo: cáncer de pulmón
   TSGs metilados en la orina: cáncer de próstata


 2. Desarrollo de tratamientos basados en terapias
  con agentes desmetiladores.
Modificación de histonas
Conceptos previos

 Nucleosoma
 Cromatina
 Heterocromatina y eucromatina
Tipos de modificaciones

• Acetilación
• Fosforilación
• Metilación
• Ubiquitinación
Histonas
Nucleosomas
¿Cómo ocurre la modificación?
Acetilación - Desacetilación
Cáncer y alcohol
Fosforilación
Metilación
Síndrome de Kabuki
        a: rasgos faciales de un varón de 11
        meses con síndrome de Kabuki.




        b: persistencia del almohadillado fetal
        en el pulpejo de dedos de un varón de
        11 meses con síndrome de Kabuki.
RNA interferente



      UNA REVOLUCIÓN
      SILENCIOSA...
Dogma central de la Biología
Años 90: Grupos de investigadores buscan la ruta
          de biosíntesis de pigmentos
Andrew Fire y Craig Mello
 (Premio Nobel de 2006)




 Estudios de la expresión génica en gusanos nematodos
¡¡¡SORPRESA!!!

       ¡¡¡La inyección de
       RNA silenciaba un
       gen específico!!!
Floreció el campo de los siRNA
 Se describió con detalle
  el mecanismo de acción
  del siRNA
 Se descubrió que
  participan en la defensa
  contra infecciones virales
 Participan en procesos
  biológicos a nivel celular
 Los siRNA estaban en
  todos los organismos de
  forma casi universal
Esto nos hace plantearnos un
       nuevo dogma
¿De qué nos sirve silenciar un gen?

 Para conocer la función de un gen en
  concreto
 Para limitar la invasión de genes extraños
 Para impedir la expresión de genes propios,
  como por ejemplo los oncogenes
Aplicaciones terapéuticas del siRNA
 Enfermedades metabólicas
 Virus de Inmunodeficiencia Humana (VIH)
  y Hepatitis C
 Cáncer
 Desórdenes genéticos
 Huntington y otras enfermedades
  neurodegenerativas
Potencialidades y retos futuros del siRNA

 Lograr una mejor estabilidad de los siRNA
 Mejorar la eficiencia de los métodos de
  liberación en el organismo
 Disminuir los efectos off-target para poder
  comercializarlos como fármacos
  terapéuticos
Para terminar, un vídeo…
Bibliografía
Penner, M.R., T.L. Roth, M.K. Chawla, L.T. Hoang, E.D. Roth,     Feinberg AP, Tycko B. The history of cancer epigenetics. Nat Rev Cancer
F.D. Lubin J.D. Sweatt, P.F. Worley, and C.A. Barnes. 2011.      2004;4:143-153
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methylation within the hippocampus. Neurobiology of Aging.
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32:2198-2210
                                                                 10.1371/journal.pone.0046036. Epub 2012 Sep 28.
Morishita, M.; di Luccio, E. Cancers and the NSD family of       Kaminker, P. 2007. Epigenetics: the science of heritable biological adaptation
histone lysine methyltransferases. BBA - Reviews on Cancer       Arch Argent Pediatr. 105(6): 529-531.
vol. 1816 issue 2 December, 2011. p. 158-163                     Jaenisch R, Bird A. 2003. Epigenetic regulation of gene expression: how
Meng, H.T.; Shields, P.G.; Jing, N., Marian, C.; McCann, S.E.;   the genome integrates intrinsic and environmental signals. 33:245-54.
Millen, A.; Ambrosone, C.; Hutson, A.; Edge, S.B.; Krishnan,     Jirtle R. & Skinner,M. 2007, Environmental epigenomics and disease
S.S.; Bin, X.; Winston, J.; Vito, D.; Russell, M.; Nochajski,    susceptibility. Nat Rev Genet 2007; 8(4):253-62.
T.H.; Trevisan, M.; and Freudenheim, J.L. "Alcohol               Godfrey, K., Lillycrop, K., Burdge, G., Gluckman, P. & Hanson M. 2007.
consumption in relation to DNA aberrant methylation in           Epigenetic mechanisms and the mismatch concept of the developmental
breast tumors," Alcohol. 2011 Nov;45(7):689-99. doi:             origins of health and disease. Pediatr Res. 61:5R-10R.
                                                                 Ting, A., McGarvey, K. & Baylin, S. 2006. The cancer epigenome components
10.1016/j.alcohol.2010.11.006. Epub 2010 Dec 18..
                                                                 and functional correlates. Genes Dev. 20(23):3215-31.
Fathi A.T., Abdel-Wahab O. “Mutations in epigenetic              O’Driscoll, L. 2006. The emerging world of microRNAs. Anticancer Res.
modifiers in myeloid malignancies and the prospect of novel      26(6):4271-8.
epigenetic-targeted therapy”. Adv Hematol. 2012;                 De Baun, M., Niemitz, E. & Feinberg, A. P. 2003. Association of in vitro
2012:469592. Epub 2011 Jun 26.                                   fertilization with Beckwith–Wiedemann syndrome and epigenetic
Serra Camó, Lluís. “Mecanismos epigenéticos de regulación        alterations of LIT1 and H19. Am. J. Hum. Genet. 72: 156-160.
de la expresión génica”. Presentación del Departament de         Rivenbark, A. G. & Coleman, W. B. 2007. The Use of Epigenetic Biomarkers
Genètica, Facultat de Biologia, Universitat de Barcelona.        for Preclinical Detection of Hepatocellular Carcinoma: Potential for
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Lim D.H.K., Maher E.R. “DNA methylation: a form of
                                                                 13: 2309-2312.
epigenetic control of gene expression”. The Obstetrician &
                                                                 Grabher, C., Von Boehmer, H. & Look, A. 2006. Notch 1 activation in
Gynaecologist 2010;12:37–42                                      the molecular pathogenesis of T-cell acute lymphoblastic leukaemia. Nat Rev
¿Epigenética? Folleto 2006. Red de excelencia para la            Cancer. 6:347–59.
investigación del epigenoma. www.epigenome.eu.                   Goldberg AD, Allis D, Bernstein E. Epigenetics: A landscape takes shape.
                                                                 Cell 2007;128:635-638

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Epigenética 1.2

  • 1. Biología Grado de Medicina Marcelo Andrade Silami Jonathan Mañas Tomás Francesc Quilis i Gómez
  • 2. ¿Qué es la epigenética?  Etimología. Prefijo griego ἐπι-  Definiciones:  1942 – C.H. Paddington: “the causal mechanisms by which the genes of the genotype bring about phenotypic effects”.  1996 – A.D.Riggs: “the study of mitotically and/or meiotically heritable changes in gene function that cannot be explained by changes in DNA sequence”.
  • 3. Ahora, vamos a entenderlo Hardware
  • 4. Otra manera de verlo Epigenética Genética
  • 5. Antes de seguir, una recomendación…
  • 6. Epigenética en acción Gemelos monocigóticos (esquizofrenia) Hambruna holandesa de 1944 Maltrato infantil
  • 7. En definitiva…  Siglo XIX  Darwin: Evolución  Mendel: Genética  Siglo XX  Watson y Crick: DNA  Siglo XXI  Epigenética
  • 8. Vamos a ver tres mecanismos: Metilación del DNA Modificación de histonas Silenciamiento génico
  • 10. Conceptos previos  DNA: la información genética se codifica en una cadena de nucleótidos.  Nucleótido: Unión covalente de: Desoxirribosa + Base nitrogenada + Grupo Fosfato G, A, T, C p
  • 11. Veámoslo gráficamente…  Bases nitrogenadas:  G: Guanina  A: Adenina  T: Timina  C: Citosina
  • 12. Más conceptos…  Sitios CpG  C: nucleótido de Citosina  p: grupo fosfato  G: nucleótido de Guanina  Islas CpG: regiones del genoma con alta concentración de sitios CpG
  • 13. Tres conceptos más…  Promotor: la región del ADN que inicia la transcripción de un gen determinado.  Islas CpG: se concentran especialmente en la región promotora de los genes.  Metilación: añadir un grupo metilo (-CH3) a una molécula
  • 14. Combinemos los conceptos:  Metilación del DNA ocurre en las islas CpG  Citosina se convierte en 5-metilcitosina  Islas CpG (región promotora) la metilación del DNA implica la pérdida de la expresión génica
  • 15. ¿Y para qué sirve saber esto?  Antes de contestar… un concepto más:  TSG: Tumor Suppressor Genes  Si la metilación del DNA (en las islas CpG) afecta la expresión génica…  ¿Qué pasa si se dejan de expresar los TSGs?
  • 17. Pues sirve para dos cosas:  1. Detección precoz. Ejemplos:  TSGs metilados en el esputo: cáncer de pulmón  TSGs metilados en la orina: cáncer de próstata  2. Desarrollo de tratamientos basados en terapias con agentes desmetiladores.
  • 19. Conceptos previos  Nucleosoma  Cromatina  Heterocromatina y eucromatina
  • 20. Tipos de modificaciones • Acetilación • Fosforilación • Metilación • Ubiquitinación
  • 23. ¿Cómo ocurre la modificación?
  • 28. Síndrome de Kabuki a: rasgos faciales de un varón de 11 meses con síndrome de Kabuki. b: persistencia del almohadillado fetal en el pulpejo de dedos de un varón de 11 meses con síndrome de Kabuki.
  • 29. RNA interferente UNA REVOLUCIÓN SILENCIOSA...
  • 30. Dogma central de la Biología
  • 31. Años 90: Grupos de investigadores buscan la ruta de biosíntesis de pigmentos
  • 32. Andrew Fire y Craig Mello (Premio Nobel de 2006) Estudios de la expresión génica en gusanos nematodos
  • 33. ¡¡¡SORPRESA!!! ¡¡¡La inyección de RNA silenciaba un gen específico!!!
  • 34. Floreció el campo de los siRNA  Se describió con detalle el mecanismo de acción del siRNA  Se descubrió que participan en la defensa contra infecciones virales  Participan en procesos biológicos a nivel celular  Los siRNA estaban en todos los organismos de forma casi universal
  • 35. Esto nos hace plantearnos un nuevo dogma
  • 36. ¿De qué nos sirve silenciar un gen?  Para conocer la función de un gen en concreto  Para limitar la invasión de genes extraños  Para impedir la expresión de genes propios, como por ejemplo los oncogenes
  • 37. Aplicaciones terapéuticas del siRNA  Enfermedades metabólicas  Virus de Inmunodeficiencia Humana (VIH) y Hepatitis C  Cáncer  Desórdenes genéticos  Huntington y otras enfermedades neurodegenerativas
  • 38. Potencialidades y retos futuros del siRNA  Lograr una mejor estabilidad de los siRNA  Mejorar la eficiencia de los métodos de liberación en el organismo  Disminuir los efectos off-target para poder comercializarlos como fármacos terapéuticos
  • 39. Para terminar, un vídeo…
  • 40. Bibliografía Penner, M.R., T.L. Roth, M.K. Chawla, L.T. Hoang, E.D. Roth, Feinberg AP, Tycko B. The history of cancer epigenetics. Nat Rev Cancer F.D. Lubin J.D. Sweatt, P.F. Worley, and C.A. Barnes. 2011. 2004;4:143-153 Mochizuki K, Tachibana M, Saitou M, Tokitake Y, Matsui Y. “Implication of Age-related changes in Arc transcription and DNA DNA demethylation and bivalent histone modification for selective gene methylation within the hippocampus. Neurobiology of Aging. regulation in mouse primordial germ cells”. PLoS One. 2012;7(9):e46036. doi: 32:2198-2210 10.1371/journal.pone.0046036. Epub 2012 Sep 28. Morishita, M.; di Luccio, E. Cancers and the NSD family of Kaminker, P. 2007. Epigenetics: the science of heritable biological adaptation histone lysine methyltransferases. BBA - Reviews on Cancer Arch Argent Pediatr. 105(6): 529-531. vol. 1816 issue 2 December, 2011. p. 158-163 Jaenisch R, Bird A. 2003. Epigenetic regulation of gene expression: how Meng, H.T.; Shields, P.G.; Jing, N., Marian, C.; McCann, S.E.; the genome integrates intrinsic and environmental signals. 33:245-54. Millen, A.; Ambrosone, C.; Hutson, A.; Edge, S.B.; Krishnan, Jirtle R. & Skinner,M. 2007, Environmental epigenomics and disease S.S.; Bin, X.; Winston, J.; Vito, D.; Russell, M.; Nochajski, susceptibility. Nat Rev Genet 2007; 8(4):253-62. T.H.; Trevisan, M.; and Freudenheim, J.L. "Alcohol Godfrey, K., Lillycrop, K., Burdge, G., Gluckman, P. & Hanson M. 2007. consumption in relation to DNA aberrant methylation in Epigenetic mechanisms and the mismatch concept of the developmental breast tumors," Alcohol. 2011 Nov;45(7):689-99. doi: origins of health and disease. Pediatr Res. 61:5R-10R. Ting, A., McGarvey, K. & Baylin, S. 2006. The cancer epigenome components 10.1016/j.alcohol.2010.11.006. Epub 2010 Dec 18.. and functional correlates. Genes Dev. 20(23):3215-31. Fathi A.T., Abdel-Wahab O. “Mutations in epigenetic O’Driscoll, L. 2006. The emerging world of microRNAs. Anticancer Res. modifiers in myeloid malignancies and the prospect of novel 26(6):4271-8. epigenetic-targeted therapy”. Adv Hematol. 2012; De Baun, M., Niemitz, E. & Feinberg, A. P. 2003. Association of in vitro 2012:469592. Epub 2011 Jun 26. fertilization with Beckwith–Wiedemann syndrome and epigenetic Serra Camó, Lluís. “Mecanismos epigenéticos de regulación alterations of LIT1 and H19. Am. J. Hum. Genet. 72: 156-160. de la expresión génica”. Presentación del Departament de Rivenbark, A. G. & Coleman, W. B. 2007. The Use of Epigenetic Biomarkers Genètica, Facultat de Biologia, Universitat de Barcelona. for Preclinical Detection of Hepatocellular Carcinoma: Potential for Noninvasive Screening of High-Risk Populations. Clinical Cancer Research. Lim D.H.K., Maher E.R. “DNA methylation: a form of 13: 2309-2312. epigenetic control of gene expression”. The Obstetrician & Grabher, C., Von Boehmer, H. & Look, A. 2006. Notch 1 activation in Gynaecologist 2010;12:37–42 the molecular pathogenesis of T-cell acute lymphoblastic leukaemia. Nat Rev ¿Epigenética? Folleto 2006. Red de excelencia para la Cancer. 6:347–59. investigación del epigenoma. www.epigenome.eu. Goldberg AD, Allis D, Bernstein E. Epigenetics: A landscape takes shape. Cell 2007;128:635-638