Los macrófagos desempeñan un papel clave en las enfermedades como efectores de la respuesta inmune innata. Pueden causar daño al huésped a través de mecanismos inflamatorios y están involucrados en el desarrollo de enfermedades crónicas como la aterosclerosis y la enfermedad de Alzheimer. Los macrófagos disfuncionales también pueden causar enfermedades graves como la enfermedad granulomatosa crónica.