Durante la tercera semana se forman tres vesículas encefálicas primarias que luego se dividen en cinco vesículas secundarias. El tubo neural se regionaliza en segmentos como los rombómeros y prosómeros. El neuroepitelio contiene células progenitoras que se diferencian en neuronas y células de la glía a través de varios linajes. Moléculas como Sonic hedgehog y BMP inducen la formación de placas ventrales y dorsales que determinan el patrón neuronal.