COVID-19 研究・対策に活用可能な NVIDIA ソフトウェアと関連情報
0 likes1,256 views
8 月 6 日 (木) 開催 Webinar AI / HPC が切り拓く COVID-19 研究最前線 ～予防・治療から社会変容への対応まで～ COVID-19 研究・対策に活用可能な NVIDIA ソフトウェアと関連情報 山田 泰永 エンタープライズ事業本部 ヘルスケア・ライフサイエンス開発者支援
![14
COVID-19 ウェビナーシリーズのご紹介
第2回 8/25(火) 13:30-15:00
COVID-19の診断や治療に直接関わる重要分野である医用画像AIとAI/HPCを活用した創薬
について、第一線の研究を担う先生方をお招きし、最新の研究をご紹介頂くとともに今後の展
望についてもお話頂きます
[ゲストスピーカー]
名古屋大学大学院 情報学研究科 知能システム学専攻 教授
森健策 先生
東京工業大学 情報理工学院 情報工学系 准教授
関嶋政和 先生](https://image.slidesharecdn.com/covidwebinar20200806final-200806065005/85/COVID-19-NVIDIA-14-320.jpg)
COVID-19 研究・対策に活用可能な NVIDIA ソフトウェアと関連情報
- 4. 4 開発者向け基本情報 NGC https://www.nvidia.com/ja-jp/gpu-cloud/ AI/GPUコンピューティング向けSWツールや情報を集約したポータル ディープラーニング向けを中心に様々なアプリケーションのDockerイメージ、学習済モデル、スクリプ ト、サンプル実装などにアクセス 開発者サイト https://developer.nvidia.com CUDA Toolkit (ライブラリ群) https://developer.nvidia.com/gpu-accelerated-libraries CUDA上の様々な既存ライブラリを活用して効率的に開発
- 5. 5 医療画像分野 Clara Imaging (放射線画像研究開発向けツールキット) 各種学習済モデル、AI支援3Dアノテーションツール、追加・転移学習ツールのキット COVID-19診断支援の学習済モデルも提供中 医療画像機器内での利用 CTスキャナの3D再構成演算の高速化・高度化、超音波診断装置でのビームフォーミング計算 MRIでの圧縮センシング計算 画像認識AIによる消化器内視鏡でのポリープ腫瘍検出、外科内視鏡での手術ナビゲーション 検体検査装置でもGPU AIの活用が始まる – COVID-19診断装置にも期待 https://developer.nvidia.com/clara-medical-imaging
- 6. 6 Clara Parabricksソフトウェア - ヒト全ゲノム二次解析パイプライン ヒト全ゲノムGATKパイプライン処理が既に30分で、さらに年内に「15分全ゲノム」達成を目標に開発中 シングルセルRNA解析でのマッピングに向け STAR/STAR Fusion のGPU高速実装済 シングルセルRNA三次解析の高速化 Python上の汎用データ解析・機械学習GPU高速実装ライブラリRAPIDSを使用 t-SNE, K-means等重い計算処理を数十倍高速化 AtacWorks ATAC-Seqのデノイズとピークコーリングのディープラーニング高精度実装 Clara Parabricks ゲノミクス/トランスクリプトミクス https://github.com/clara-parabricks/rapids-single-cell-examples https://www.nvidia.com/en-us/healthcare/clara-parabricks/ https://github.com/clara-parabricks/AtacWorks
- 7. 7 ロングリードゲノミクス、配列解析 Oxford Nanoporeシーケンサーのベースコール部の高速化・高精度化 (Bonito等) Oxford Nanopore、PacBioからのロングリードDe Novoアセンブルに向けた高速実装 (RAVEN, RACON,MEDAKA等) BEAST/BEAGLEによるウイルス変異系統解析の高速化 メタゲノム解析等に向けた配列類似性検索(BLAST系)の高速化 (GHOST-Z GPU等) https://github.com/nanoporetech/bonito https://developer.nvidia.com/clara-parabricks https://beast.community/about https://github.com/akiyamalab/ghostz-gpu
- 8. 8 創薬向けシミュレーション/HPC クライオ電顕による立体構造解析の高速化 (RELION, CryoSparc等) ドッキングシミュレーションの高速化、高度化 (Autodock, Mega-Dock等) MDシミュレーションの高速化 (GROMACS、AMBER、Desmond/Schrodinger等) 量子化学計算高速化 (Gaussian、GAMES等) Subtitle Optional https://cryosparc.com https://github.com/3dem/relion https://github.com/ccsb-scripps/AutoDock-GPU https://www.bi.cs.titech.ac.jp/megadock/index_ja.html http://gaussian.com/gpu/ https://developer.nvidia.com/blog/creating-faster-molecular-dynamics-simulations-with-gromacs-2020/ https://ambermd.org/index.php
- 11. 11 周辺分野 – 監視カメラ/映像モニタリング系 Clara Guardian SDK 監視カメラ、院内モニタリング系でのCOVID-19対応アプリ開発に向けた学習済モデル群+サンプル 実装のパッケージ 映像デコード/前処理の高速実装、人物検出や姿勢推定、心拍数推定などの学習済モデル搭載/ 開発中 さらに画像+音声マルチモーダル対話型アプリに向けた音声認識/音声合成モデル(英語)、Q&A言 語モデル等を搭載 体温確認トラッキング、マスク非着用検知、密集検知、手洗い、消毒作業認識、患者状態モニタリ ング、高齢者ケア、接触機会を低減するAI対話相談や非接触ジェスチャー操作などの実アプリケー ション普及に向けて世界中のスタートアップ企業とパートナーシップ構築 https://www.nvidia.com/ja-jp/healthcare/clara-guardian/
- 12. 12 周辺分野 – ロボティクス ISAAC SDK/ISAAC SIM 自律移動ロボットに向けた外界環境認識の学習済モデルと制御を含めたサンプル実装 リアルな3D環境上で仮想センサーを搭載した仮想ロボットの動作シミュレーション ピッキング動作などの作業強化学習に向けた物理シミュレーションフレームワークを開発中 https://www.nvidia.com/ja-jp/deep-learning-ai/industries/robotics/
- 13. 13 周辺分野 – ロボティクス ISAAC SDK/ISAAC SIM 自律移動ロボットに向けた外界環境認識の学習済モデルと制御を含めたサンプル実装 リアルな3D環境上で仮想センサーを搭載した仮想ロボットの動作シミュレーション ピッキング動作などの作業強化学習に向けた物理シミュレーションフレームワークを開発中 https://www.nvidia.com/ja-jp/deep-learning-ai/industries/robotics/ “Inception” スタートアップ企業 支援・連携プログラム
- 14. 14 COVID-19 ウェビナーシリーズのご紹介 第2回 8/25(火) 13:30-15:00 COVID-19の診断や治療に直接関わる重要分野である医用画像AIとAI/HPCを活用した創薬 について、第一線の研究を担う先生方をお招きし、最新の研究をご紹介頂くとともに今後の展 望についてもお話頂きます [ゲストスピーカー] 名古屋大学大学院 情報学研究科 知能システム学専攻 教授 森健策 先生 東京工業大学 情報理工学院 情報工学系 准教授 関嶋政和 先生