![v) Resultados de la búsqueda FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 3.3t09 May 18, 2001 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 @:1-: 241 nt vs EMBL Fungi library searching /ebi/services/idata/v225/fastadb/em_fun library 104701680 residues in 66478 sequences statistics extrapolated from 60000 to 61164 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= -1.2290+/-0.000361; mu= 72.1313+/- 0.026 mean_var=907.6270+/-295.007, 0's: 68 Z-trim: 4246 B-trim: 15652 in 3/79 Lambda= 0.0426 FASTA (3.39 May 2001) function [optimized, +5/-4 matrix (5:-4)] ktup: 6 join: 48, opt: 33, gap-pen: -16/ -4, width: 16 Scan time: 3.180 The best scores are: opt bits E(61164) EM_FUN:CGL301988 AJ301988.1 Colletotrichum glo (1484) [f] 1184 88 5.7e-17 EM_FUN:AF090855 AF090855.1 Colletotrichum gloe ( 500) [f] 1205 88 7.3e-17 EM_FUN:CGL301986 AJ301986.1 Colletotrichum glo (1484) [f] 1166 87 1.2e-16 EM_FUN:CGL301908 AJ301908.1 Colletotrichum glo (2868) [f] 1148 87 1.3e-16 EM_FUN:CGL301909 AJ301909.1 Colletotrichum glo (2868) [f] 1148 87 1.3e-16 EM_FUN:CGL301907 AJ301907.1 Colletotrichum glo (2867) [f] 1148 87 1.3e-16 EM_FUN:CGL301919 AJ301919.1 Colletotrichum glo (1171) [f] 1166 87 1.6e-16 EM_FUN:CGL301977 AJ301977.1 Colletotrichum glo (1876) [f] 1148 86 2e-16 EM_FUN:CFR301912 AJ301912.1 Colletotrichum fra (2870) [f] 1137 86 2.1e-16 04/06/09 Introducción a la Bioinformática](https://image.slidesharecdn.com/ejemplos-1219524558500679-9/85/Tecnologias-Emergentes-Bioinformatica-10-320.jpg)
Tecnologias Emergentes - Bioinformatica
- 1. Ejemplos de uso de la Bioinformática Clasificación de un h ongo , comparando una secuencia suya con las de una base de datos para determinar si las hay similares Visualización de estructuras moleculares en tres dimensiones Introducción al análisis de secuencias 04/06/09 Introducción a la Bioinformática
- 2. Ejemplo 1: Identificación de un hongo Unos investigadores han detectado una infección fúngica en un cultivo agrario. En caso de duda en la identificación directa (crecimiento lento del hongo, características morfológicas similares entre varias especies, etc.) se puede plantear la alternativa siguiente: Secuenciar un fragmento del ADN del hongo Buscar en bases de datos moleculares intentando encontrar la misma secuencia o una lo más similar posible (“DB homology search”) 04/06/09 Introducción a la Bioinformática
- 3. Ej. 1.1 Secuencia característica Obtenemos la secuencia siguiente gtttacgctctacaaccctttgtgaacatacctacaactgttgcttcggcgggtagggtctccgcgaccctcccggcctcccgcctccgggcgggtcggcgcccgccggaggataaccaaactctgatttaacgacgtttcttctgagtggtacaagcaaataatcaaaacttttaacaaccggatctcttggttctggcatcgatgaagaacgcagcgaaatgcgataagtaatgtgaat 04/06/09 Introducción a la Bioinformática
- 4. Vía internet accedemos al EBI: European Bioinformatics Institute Aquí escogemos la opción “ Tools” y Seleccionamos Fasta3 Seleccionamos en DATABASES : N ucleic ACIDS , FUNGI Enganchamos la secuencia y hacemos la consulta Obtendremos un listado de especies ordenado de mayor a menor similitud Ej. 1.2 Búsqueda de la secuencia en una base de datos 04/06/09 Introducción a la Bioinformática
- 5. i) Vamos a la Web del EBI 04/06/09 Introducción a la Bioinformática
- 6. ii) Escogemos la opción Tools 04/06/09 Introducción a la Bioinformática
- 7. iii) En Tools seleccionamos FASTA3 04/06/09 Introducción a la Bioinformática
- 8. iv) la opción DATABASES NUCLEIC ACIDS, FUNGI 04/06/09 Introducción a la Bioinformática
- 9. v) Enganchamos la secuencia en el cuadro inferior y ejecutar (Run FASTA 3) 04/06/09 Introducción a la Bioinformática
- 10. v) Resultados de la búsqueda FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 3.3t09 May 18, 2001 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 @:1-: 241 nt vs EMBL Fungi library searching /ebi/services/idata/v225/fastadb/em_fun library 104701680 residues in 66478 sequences statistics extrapolated from 60000 to 61164 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= -1.2290+/-0.000361; mu= 72.1313+/- 0.026 mean_var=907.6270+/-295.007, 0's: 68 Z-trim: 4246 B-trim: 15652 in 3/79 Lambda= 0.0426 FASTA (3.39 May 2001) function [optimized, +5/-4 matrix (5:-4)] ktup: 6 join: 48, opt: 33, gap-pen: -16/ -4, width: 16 Scan time: 3.180 The best scores are: opt bits E(61164) EM_FUN:CGL301988 AJ301988.1 Colletotrichum glo (1484) [f] 1184 88 5.7e-17 EM_FUN:AF090855 AF090855.1 Colletotrichum gloe ( 500) [f] 1205 88 7.3e-17 EM_FUN:CGL301986 AJ301986.1 Colletotrichum glo (1484) [f] 1166 87 1.2e-16 EM_FUN:CGL301908 AJ301908.1 Colletotrichum glo (2868) [f] 1148 87 1.3e-16 EM_FUN:CGL301909 AJ301909.1 Colletotrichum glo (2868) [f] 1148 87 1.3e-16 EM_FUN:CGL301907 AJ301907.1 Colletotrichum glo (2867) [f] 1148 87 1.3e-16 EM_FUN:CGL301919 AJ301919.1 Colletotrichum glo (1171) [f] 1166 87 1.6e-16 EM_FUN:CGL301977 AJ301977.1 Colletotrichum glo (1876) [f] 1148 86 2e-16 EM_FUN:CFR301912 AJ301912.1 Colletotrichum fra (2870) [f] 1137 86 2.1e-16 04/06/09 Introducción a la Bioinformática
- 11. Ejemplo 2: Visualización de estructuras moleculares RASMOL es un programa para visualizar estructuras moleculares en tres dimensiones Haciendo click aquí podéis acceder a una guía rápida del programa desde donde podréis descargarlo, instalarlo y ejecutarlo con facilidad 04/06/09 Introducción a la Bioinformática
- 12. Ejemplo 3: Introducción práctica al análisis de secuencias Haciendo click aquí se accede al Bioinformatics Web Practical del servicio de Bioinformática de la Universidad de Manchester ( UMBER ) El objetivo de este tutorial es Dar un vistazo a algunos recursos bioinformáticos existentes en Internet Adquirir una primera idea sobre que es el análisis de secuencias A continuación podéis ver algunas de las pantallas que aparecerán 04/06/09 Introducción a la Bioinformática
- 13. Enganchamos una secuencia al traductor 04/06/09 Introducción a la Bioinformática
- 14. 04/06/09 Introducción a la Bioinformática Traducción de la secuencia y búsqueda en OWL
- 15. 04/06/09 Introducción a la Bioinformática La secuencia ha sido identificada