Este documento describe los ecosistemas microbianos y los modelos experimentales utilizados para estudiarlos. Un ecosistema microbiano está formado por la comunidad microbiana y su entorno abiótico, donde la energía fluye y los materiales son reciclados. Los modelos experimentales simplifican las interacciones microbianas y entre la comunidad y el ambiente, incluyendo sistemas discontinuos como quimiostatos y microcosmos que contienen diversas poblaciones. Estos modelos permiten investigar las relaciones entre poblaciones microbianas y sus hospederos